结论前置：签协议时法人没在而盖了法人章，在一般情况下是有效的，但也存在特殊情况下可能无效的风险。具体效力需根据实际情况判断，以下从多个角度为你详细分析。
一、一般情况下的有效性
法理依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，签字、盖章在法律上都可以作为当事人意思表示达成一致的方式，盖法人章意味着法人对协议内容的认可和同意。
- 法人章是法人身份的象征之一，在商业实践中，盖法人章往往被视为一种便捷且有效的替代方式，特别是在需要大量签署文件的情况下。只要法人章是真实且合法的，盖法人章通常被视为与法人签字具有同等法律效力。
具体解释：
- 例如，在一份买卖合同中，双方约定以书面形式订立合同，卖方在合同上加盖了法人章，买方也签字确认，此时该合同即成立并生效，对双方均具有法律约束力。因为加盖法人章代表了法人对合同内容的认可，与法人签字具有相同的法律效果。
二、特殊情况下的可能无效性
合同明确约定必须签字：
- 法理依据：如果合同中明确规定“必须由法定代表人签字，加盖法人章无效”等类似条款，那么仅加盖法人章可能会导致该协议不发生预期的法律效力。当事人之间的约定具有优先性，双方都应当遵守合同的具体约定。
- 具体解释：比如，在一些涉及重大权益转让的合同中，双方可能出于谨慎考虑，明确约定必须由法定代表人签字确认，此时如果仅加盖法人章，就可能因不符合合同约定而被认定为无效。
法律、行政法规的特别规定：
- 法理依据：某些特定领域的法律、行政法规可能对文件的签署形式有严格要求，必须由法定代表人签字。例如，涉及金融、证券等领域的一些重要文件，可能会有专门的法规要求法定代表人亲自签字以确保交易的安全性和真实性。
- 具体解释：假设在一份证券发行文件中，相关法规明确规定必须由发行人的法定代表人签字，此时如果仅加盖法人章，就可能因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。
三、存在的风险及应对建议
存在的风险：
- 对方可能以未满足合同约定或法律、行政法规的特别要求为由主张协议无效，给协议的履行带来麻烦和争议。
- 如果协议中明确约定了必须签字才生效，而仅有法人章，则协议可能无法生效，导致双方的交易目的无法实现。
应对建议：
- 明确约定：在签订协议时，双方可以明确约定签字和盖章具有同等的法律效力，或者明确约定在何种情况下仅盖章或仅签字协议即生效，以避免因签署形式问题产生的争议。
- 协商解决：对于已经签订的只有法人章而没有法定代表人签字的协议，双方应尽量通过协商等方式解决可能出现的问题，如补充签字、重新签订协议等，确保协议的顺利履行。
- 完善手续：为降低风险，建议在签订协议时同时加盖法人的公章并获取法定代表人的签字，特别是在涉及重大交易或重要权益的协议中。
综上所述，签协议时法人没在而盖了法人章在一般情况下是有效的，但为了避免潜在的风险和争议，双方应谨慎处理签署形式问题，确保协议的有效性和可执行性。如果你在协议签署过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。