协议盖了法人章但没有盖公章，其有效性需结合具体情况综合判断，不能一概而论说有效或无效。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法人章的法律效力
法人章，作为公司法人的个人名章，在特定场合下具有法律效力，如财务方面的票据、合同等需要法人亲自确认的文件上。然而，在一般的合同或协议签署中，法人章并非必需的盖章要素。合同或协议的有效性，更多取决于双方当事人的真实意思表示、合同内容的合法性以及是否满足法律规定的成立要件。
二、公章与法人章在合同签署中的区别
公章：公章是代表公司或组织的正式印章，具有最高的法律效力。在签署合同或协议时，加盖公章即表示公司对该文件内容的认可和承担相应法律责任。因此，公章是合同签署中最为常见且重要的盖章要素。
法人章：法人章虽然也能代表法人的意志，但在合同签署中，其法律效力通常不及公章。法人章更多用于特定场合下的确认或授权，而非作为合同成立的必备要素。
三、协议有效性的判断标准
在判断协议是否有效时，应综合考虑以下因素：
双方当事人的真实意思表示：协议内容必须是双方真实、自愿的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
合同内容的合法性：协议内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公共利益和善良风俗。
合同成立的法定要件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，只要协议上有双方当事人的签字或盖章（包括公章或法人章，具体取决于合同约定和实际情况），且满足其他法定要件，即可认为合同成立。
四、未盖公章但盖了法人章的协议有效性分析
如果合同中明确约定只需盖法人章即可生效：那么在该情况下，即使未盖公章，协议也是有效的。因为双方已经通过合同约定明确了生效条件，应当遵循当事人的意思自治原则。
如果合同中未明确约定生效条件：且根据行业惯例或交易习惯，通常需要加盖公章才视为有效：那么在该情况下，仅盖法人章可能不足以证明协议的有效性。此时，需要结合其他因素（如双方的实际履行情况、是否存在其他确认协议效力的证据等）来综合判断。
如果法人章的加盖能够代表公司的真实意思表示：且该意思表示与协议内容相符：那么即使未盖公章，协议也可能被认定为有效。因为法人章作为法人的个人名章，在一定程度上也能代表法人的意志。但这种情况需要具体分析，且存在较大的不确定性。
五、建议与风险提示
明确约定生效条件：在签订协议时，双方应明确约定生效条件，如必须加盖公章才生效或签字与盖章具有同等法律效力等。这样可以避免因未盖章而产生的争议和风险。
谨慎处理签字和盖章问题：为确保协议的有效性和可执行性，双方应谨慎处理签字和盖章问题。在可能的情况下，建议同时加盖公章和法人章，并获取法定代表人的签字。
咨询专业律师：如果对于协议的有效性存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助双方解决争议并维护自身权益。
总之，协议盖了法人章但没有盖公章的有效性需结合具体情况综合判断。在签订协议时，双方应明确约定生效条件并谨慎处理签字和盖章问题，以确保协议的有效性和可执行性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。