建设工程施工合同已施工但违反行政法规定时，工程款的判决需结合具体情况，通常不会直接导致工程款无效，但可能影响工程款的支付和结算方式。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同效力与行政法违规的关系

• 合同效力不受直接影响：根据《民法典》及相关司法解释，建设工程施工合同违反行政法规定（如未取得施工许可证、未通过环保审批等），通常不会直接导致合同无效。行政法违规更多涉及行政处罚（如罚款、停工整顿等），而非合同效力的否定。
• 例外情形：若违反行政法规定导致合同内容违法（如合同约定使用禁止使用的建筑材料），则可能因“违反法律、行政法规的强制性规定”而无效。但此类情形需具体分析，并非所有行政法违规均导致合同无效。

2. 工程款判决的核心原则

• 质量合格原则：无论合同是否违反行政法规定，若工程已施工且质量合格，发包方通常需支付工程款。这是基于《民法典》中“建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人”的规定。
• 过错分担原则：若行政法违规导致工程停工、返工或增加成本，法院可能根据双方过错程度调整工程款。例如，若因承包方未取得施工许可证导致停工，可能需承担部分损失；若因发包方未提供合法手续导致违规，则发包方可能需承担更多责任。

3. 具体情形下的判决方向

• 未取得施工许可证但工程合格：法院可能判决发包方支付工程款，但可能扣除因违规导致的额外费用（如罚款、停工损失等）。
• 工程存在严重质量问题：即使合同未直接违反行政法规定，若工程质量不合格，发包方有权拒付工程款，并要求承包方承担修复或赔偿责任。
• 行政处罚直接影响工程款：若行政机关作出处罚决定（如责令拆除违法建筑），且该处罚导致工程无法使用或价值减损，法院可能根据处罚结果调整工程款金额。

4. 实务建议

• 收集证据：承包方应保留施工记录、质量验收报告、行政处罚决定书等证据，以证明工程质量和违规事实。
• 协商解决：在诉讼前，双方可尝试通过协商解决工程款争议，避免长时间诉讼导致的成本增加。
• 及时主张权利：若发包方拒付工程款，承包方应在法定期限内提起诉讼或仲裁，避免超过诉讼时效。

5. 法律风险提示

• 行政处罚与民事责任的区分：行政法违规可能导致行政处罚，但民事工程款的支付需单独通过民事诉讼解决，两者程序和结果可能不同。
• 合同条款的审查：签订合同时，双方应明确约定行政法违规的责任分担条款，以减少后续争议。

总结：建设工程施工合同违反行政法规定时，工程款的判决需结合合同效力、工程质量、过错程度等因素综合判断。若工程合格，发包方通常需支付工程款，但可能因违规承担额外费用或损失。建议您根据具体情况收集证据，并咨询专业律师以制定诉讼策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。