针对您提出的“员工因违章操作发生工伤企业怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，员工因违章操作导致受伤，公司通常仍需依据工伤保险的无过错责任原则承担相应赔偿责任。这是因为，工伤保险的设计初衷就是为了保障员工在工作过程中因工作原因受到事故伤害时能够得到及时的经济补偿，而这一原则并不因员工是否存在违规操作而改变。
一、工伤认定与排除情形
- 工伤认定原则：只要员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，无论其是否存在违规操作，一般都应认定为工伤。
- 法定排除情形：当然，也存在一些法定排除情形，如员工存在故意犯罪、醉酒或者吸毒、自残或者自杀等行为，这些情况下员工不能被认定为工伤。
二、赔偿主体及方式
已缴纳工伤保险的情况：
- 工伤保险基金支付：包括治疗工伤的医疗费用和康复费用、住院伙食补助费、到统筹地区以外就医的交通食宿费、辅助器具配置费、一次性伤残补助金、伤残津贴（一至六级伤残）、一次性工伤医疗补助金（五至十级伤残解除或终止劳动关系时）等。
- 用人单位支付：停工留薪期内的工资福利待遇、五级和六级伤残职工难以安排工作时的伤残津贴、一次性伤残就业补助金（五至十级伤残解除或终止劳动关系时）。
未缴纳工伤保险的情况：
- 若公司未依法为员工缴纳工伤保险，则上述本应由工伤保险基金支付的费用全部由公司承担，并且公司还可能面临行政处罚。
三、特殊情况下的处理
- 员工故意违规操作：如果公司有充分证据证明员工是故意违规操作以骗取工伤赔偿或达到其他非法目的，且经法律程序确认，公司可以主张不承担赔偿责任或减轻赔偿责任。但这种情况的认定需要严格的证据支持。
- 追偿问题：虽然公司需承担赔偿责任，但如果员工的违规操作存在故意或重大过失，公司在承担赔偿责任后，可依据相关法律规定向有故意或重大过失的员工进行适当追偿。这同样需要充分证据证明员工的过错程度。
四、关于“处罚”的说明
在您的问题中提到了“处罚”，但需要明确的是，公司对员工的“处罚”并非直接针对工伤事故本身。工伤事故的处理主要依据工伤保险的相关规定进行赔偿。如果公司认为员工存在违规操作行为，且该行为违反了公司的规章制度或劳动纪律，公司可以依据内部规章制度对员工进行相应的纪律处分，如警告、罚款、降职、解雇等。但这些处分与工伤赔偿是两个独立的法律关系，不能混为一谈。
五、建议与预防措施
- 加强安全生产管理：公司应建立健全安全生产管理制度，提高员工的安全意识，通过定期培训、安全检查等措施减少工伤事故的发生。
- 依法履行赔偿责任：对于已发生的工伤事故，公司应积极配合相关部门进行调查，并依法履行赔偿责任，维护员工的合法权益。
- 完善内部规章制度：公司应制定明确的规章制度，明确员工的行为规范和违规操作的后果，以便在发生类似情况时能够有据可依。
综上所述，员工因违章操作导致受伤并不免除公司的赔偿责任。公司应根据实际情况依法履行赔偿义务，并加强安全管理、完善内部规章制度以预防工伤事故的发生。同时，对于员工的违规操作行为，公司可以依据内部规章制度进行相应的纪律处分。