在对方持有出生证明且不配合做亲子鉴定的情况下，法院会根据现有证据和法律规定进行综合判断，并作出相应判决。 以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法院判决的基本原则
在涉及亲子关系确认的案件中，法院判决的基本原则是以事实为依据，以法律为准绳。当一方持有出生证明但拒绝配合进行亲子鉴定时，法院不会仅凭出生证明就作出认定，而是会综合考虑其他证据，如双方的生活情况、亲子关系的日常表现、其他相关证人的证言等，来形成内心确信，并据此作出判决。
二、对方不配合亲子鉴定的法律后果
推定亲子关系存在或不存在：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条：“对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。对亲子关系有异议且有正当理由的，成年子女可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。”在诉讼过程中，如果一方拒绝配合进行亲子鉴定，且没有正当理由，法院可能会根据另一方提供的证据和案件情况，推定亲子关系存在或不存在。
承担不利法律后果：
- 拒绝配合亲子鉴定的一方，如果因此导致法院无法形成确信，可能会承担不利法律后果。这通常意味着，如果另一方提供了足够的证据来支持其主张，而拒绝鉴定的一方无法提供反驳证据，法院可能会倾向于支持另一方的诉求。
三、法院可能采取的证据审查方式
综合审查其他证据：
- 在对方不配合亲子鉴定的情况下，法院会综合审查其他相关证据，如双方的生活照片、视频、通信记录、共同生活的证明、证人证言等，以形成对亲子关系的全面认识。
运用生活经验法则：
- 法院在审理案件时，还会运用生活经验法则进行判断。例如，如果双方长期共同生活，且存在亲子关系的日常表现（如称呼、照顾、教育等），法院可能会倾向于认为亲子关系存在。
四、具体案例与法律实践
- 在实际案例中，如果一方持有出生证明但拒绝配合亲子鉴定，而另一方能够提供其他充分证据来证明亲子关系（如双方共同生活的照片、视频、证人证言等），法院通常会支持确认亲子关系的诉求。
- 反之，如果拒绝鉴定的一方能够提供足够证据来反驳亲子关系的主张（如证明自己在孩子出生时不在场、没有与对方共同生活的记录等），法院则可能会否认亲子关系。
五、建议与注意事项
积极收集证据：
- 在对方不配合亲子鉴定的情况下，应积极收集其他相关证据来支持自己的主张。这些证据应尽可能真实、合法、有效，并能够形成完整的证据链。
咨询专业律师：
- 面对复杂的亲子关系确认案件，建议及时咨询专业律师（当然，你可以直接向我提问，我专注于婚姻家庭领域）。律师能够提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助你更好地维护自己的合法权益。
尊重法院判决：
- 无论法院最终作出何种判决，都应尊重并执行。如果对判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
综上所述，对方持有出生证明且不配合做亲子鉴定时，法院会根据现有证据和法律规定进行综合判断。如果你面临此类情况，建议积极收集证据并咨询专业律师以维护自己的合法权益。