结论前置：在明明是亲生但亲子鉴定却显示不是的情况下，法院的判决会依据具体案情、证据以及相关法律规定来综合考量，可能涉及确认亲子关系、解除婚姻关系、财产分割、抚养权及抚养费等多个方面。以下是对此问题的详细分析：
一、亲子关系的确认与否认
亲子关系确认：
- 若一方对亲子关系有异议，并提供了初步证据（如亲子鉴定报告显示非亲生），而另一方无相反证据且拒绝做亲子鉴定的，法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。这是基于《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定。
- 若双方均同意进行亲子鉴定，且鉴定结果显示非亲生，那么法院将依据鉴定结果来确认或否认亲子关系。
亲子关系否认的法律后果：
- 一旦亲子关系被否认，非亲生子女与生父之间的法律关系将不再存在，包括继承权、抚养义务等。
二、婚姻关系的处理
离婚诉讼：
- 若亲子鉴定结果显示非亲生，且这一事实对夫妻感情造成严重破坏，导致夫妻感情确已破裂，那么法院在调解无效的情况下，会判决离婚。这是基于《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定。
离婚损害赔偿：
- 若因一方过错（如婚外情导致非亲生子女）导致离婚，无过错方有权请求损害赔偿。赔偿范围包括物质损害赔偿和精神损害赔偿。这是基于《中华人民共和国民法典》第一千零九十一条的规定。
三、财产分割
共同财产分割：
- 离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。亲子鉴定结果可能作为法院考虑无过错方权益的一个因素。
隐藏、转移财产的处理：
- 若一方在离婚期间隐藏、转移、变卖、毁损夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产的，法院可以对其少分或不分财产。若亲子鉴定非亲生的事实与这些行为有关联，法院在判决时会予以考虑。
四、抚养权及抚养费
抚养权归属：
- 亲子鉴定结果可能影响抚养权的归属。若子女非亲生，生父通常无需承担抚养义务，抚养权可能归生母或其他有抚养能力的人所有。
抚养费支付：
- 若生父被确认无需承担抚养义务，则无需支付抚养费。但若生父在不知情的情况下已支付了抚养费，且该支付行为对生父造成了经济损失，生父有权要求返还。
五、特殊情况处理
鉴定程序违法：
- 若亲子鉴定程序违法或鉴定机构不具备资质，导致鉴定结果不准确或无效，法院将不会采纳该鉴定结果，并可能要求重新进行鉴定。
证据不足：
- 若一方仅提供亲子鉴定报告作为证据，但无法提供其他佐证（如婚外情证据、生育记录等），且另一方坚决否认亲子关系存在问题的，法院可能认为证据不足而不予采纳亲子鉴定报告。
法律建议：在面临此类复杂情况时，建议当事人及时咨询专业律师，以便更好地了解自身权益并制定合适的诉讼策略。同时，保持冷静和理性，通过合法途径解决纠纷，避免采取过激行为导致不必要的法律后果。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。