如果做亲子鉴定时对方不配合，法院会根据具体情况进行判决，核心原则是保护未成年子女的合法权益，并结合其他证据进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定：
- 否认亲子关系：父或者母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。
- 确认亲子关系：父或者母以及成年子女起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定确认亲子关系一方的主张成立。
这一规定体现了法院在处理亲子关系确认或否认案件时的基本原则，即在提供必要证据且对方无相反证据又拒绝鉴定的情况下，法院可以依法作出对拒绝方不利的推定。
二、法院判决的考虑因素
起诉方提供的证据：
- 起诉方需要尽可能收集并提交能证明亲子关系存在或不存在的证据，如分居证明、证人证言、容貌相似度、生活习惯相似性、被请求方的相关承认记录等。
- 这些证据虽然可能不如亲子鉴定结果直接，但在对方拒绝鉴定的情况下，它们将成为法院判断亲子关系的重要依据。
对方拒绝鉴定的行为：
- 对方拒绝配合进行亲子鉴定，且没有提供相反证据来反驳起诉方的主张，这将被视为对起诉方证据的一种默认或无法反驳。
- 法院会结合起诉方提供的证据和对方拒绝鉴定的行为，依法作出对拒绝方不利的推定。
未成年子女的合法权益：
- 在处理亲子关系确认或否认案件时，法院会特别关注未成年子女的合法权益。
- 如果确认亲子关系对未成年子女的成长和权益保护有利，法院可能会更倾向于认定亲子关系的存在。
三、实际案例与启示
以厦门市同安区人民法院审理的一起案件为例：
- 案件背景：李女士与黄先生同居期间怀孕并生育一女，但黄先生在李女士临产时消失不见。李女士多次联系黄先生未果后，向法院提起诉讼，请求判令黄先生支付抚养费。
- 鉴定难题：由于黄先生未现身且拒绝配合进行亲子鉴定，李女士无法提供亲子鉴定结果这一关键证据。
- 法院判决：法院在综合审查李女士提供的聊天记录、出生医学证明等证据的基础上，结合黄先生母亲与小贝的亲缘关系鉴定结果（显示存在生物学上的祖孙关系），以及黄先生未举示任何相反证据且拒绝到庭配合亲子鉴定的事实，依法认定黄先生与小贝存在亲子关系，并判决黄先生支付抚养费。
这一案例表明，在对方拒绝配合进行亲子鉴定的情况下，法院会结合其他证据和事实情况，依法作出对拒绝方不利的推定，以保护未成年子女的合法权益。
四、建议与措施
- 积极收集证据：起诉方应尽可能收集并提交能证明亲子关系存在或不存在的证据，以增加法院认定亲子关系的可能性。
- 寻求法律帮助：如果对方拒绝配合进行亲子鉴定，起诉方可以咨询专业律师，了解相关法律规定和程序，并探讨是否有可能通过法律途径强制要求对方进行亲子鉴定或在必要时寻求其他法律救济措施。
- 关注未成年子女权益：在处理亲子关系确认或否认案件时，应特别关注未成年子女的合法权益，确保他们的成长和权益得到保护。
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