若在司法亲子鉴定中对方不配合，可按以下不同情况来处理：
在诉讼前阶段
- 沟通协商：首先尝试与对方进行友好、诚恳的沟通，了解对方不配合的原因。也许对方存在一些顾虑或误解，通过耐心解释司法亲子鉴定的目的、程序以及对双方和孩子的意义等，消除对方的担忧，争取对方自愿配合。比如，向对方说明亲子鉴定结果对于明确亲子关系、保障孩子合法权益（如继承权、抚养权等）的重要性。
- 借助第三方调解：如果自行沟通无果，可以寻求第三方调解机构的帮助，如社区调解委员会、人民调解组织等。这些机构具有中立性和专业性，能够从客观的角度分析问题，促使双方达成一致意见，推动亲子鉴定的进行。
在诉讼阶段
- 向法院申请强制鉴定：如果已经进入诉讼程序，如离婚诉讼中涉及亲子关系认定、抚养权纠纷等，一方无正当理由拒绝配合进行亲子鉴定的，另一方可以向法院提出申请，要求强制进行亲子鉴定。法院会根据具体情况进行审查，若认为有必要且符合法律规定，会作出强制鉴定的裁定。
- 依据证据规则进行推定：根据相关法律规定和司法实践，在符合一定条件的情况下，法院可以对亲子关系作出推定。例如，在离婚诉讼中，一方请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。这里的必要证据可以包括双方同居或生育的事实、孩子出生证明上父母信息的记载等。但需要注意的是，这种推定是一种法律上的拟制，并非绝对准确，所以在有条件进行亲子鉴定的情况下，还是应尽量通过鉴定来确定亲子关系。
在整个过程中，要注意收集和保留相关证据，如与对方沟通的记录、能证明亲子关系可能存在的其他证据等，以便在需要时支持自己的主张。如果你还有其他关于司法亲子鉴定或相关法律问题的疑问，欢迎随时向我咨询。