甲方收取安全保证金是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度

• 合法情形：若双方在建设工程合同中明确约定了安全保证金的缴纳条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么甲方收取安全保证金是合法的。这种约定可以视为双方对工程安全管理的共同承诺，有助于确保施工过程中的安全。
• 违法情形：若合同中未约定安全保证金，或约定违反了法律、行政法规的强制性规定（如约定金额过高、收取方式不合法等），则甲方无权收取，否则可能构成违法。

2. 法律法规角度

• 现行法律支持：目前，我国法律并未明确禁止在建设工程合同中约定安全保证金。但需要注意的是，任何保证金的收取都应当遵循合法、合理、公平的原则，不得损害施工方的合法权益。
• 潜在法律风险：如果甲方收取的安全保证金缺乏合法依据，或者收取后未按照约定用途使用，甚至挪作他用，那么甲方可能面临法律责任，包括但不限于返还保证金、赔偿损失等。

3. 实际操作角度

• 建议做法：在实际操作中，建议双方在合同中明确安全保证金的缴纳、使用、返还等条款，确保条款的合法性和合理性。同时，甲方在收取安全保证金时，应当向施工方出具正规收据或发票，并妥善保管相关凭证。
• 风险防范：施工方在缴纳安全保证金前，应当仔细审查合同条款，确保自身权益不受损害。如发现甲方存在违法收取保证金的行为，应当及时提出异议，并保留相关证据以便后续维权。

4. 特殊情形考虑

• 地方政府规章：部分地方政府可能出台了关于建设工程安全保证金的具体规定。在这种情况下，甲方收取安全保证金的行为还需符合地方政府规章的要求。
• 行业惯例：在某些行业或地区，可能存在收取安全保证金的惯例。但惯例不能作为违法的借口，仍需以法律法规为准绳。

法律建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应明确安全保证金的缴纳、使用、返还等条款，确保条款的合法性和合理性。
• 甲方在收取安全保证金时，应遵守相关法律法规和合同约定，不得擅自提高收取标准或改变收取方式。
• 施工方在缴纳安全保证金前，应仔细审查合同条款和甲方资质，确保自身权益不受损害。
• 如发生争议，双方应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

如有具体合同或案例需要分析，可以直接向我咨询，我会结合实际情况给出更详细的法律建议。