若店铺因违法违规被查封，员工工资仍需支付，具体处理方式如下：

1. 劳动关系存续期间的工资支付义务
   根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。若查封导致停工超过一个周期，用人单位仍需按不低于当地最低工资标准的80%支付生活费（具体比例以地方规定为准）。核心结论：店铺查封不免除工资支付义务，员工有权要求全额或最低标准工资。

2. 用人单位拒付工资的救济途径

   • 协商解决：优先与用人单位或实际控制人协商，要求出具书面还款计划。
     
   • 行政投诉：向当地劳动监察大队举报（需提供劳动合同、工资条、考勤记录等证据），监察部门可责令限期支付。
     
   • 劳动仲裁：若协商、投诉无果，可在劳动关系终止之日起1年内申请仲裁，主张工资、经济补偿金等。
     
   • 诉讼程序：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼；若用人单位已注销，可追加股东为被执行人（需证明财产混同或恶意注销）。

3. 特殊情形处理

   • 用人单位无财产可执行：若查封后发现用人单位无资产，员工可申请将实际经营者、股东或关联公司列为共同被告，要求承担连带责任。
     
   • 未签订劳动合同：员工需通过工作证、考勤记录、工资转账记录等证明劳动关系，仍可主张工资权益。
     
   • 非法用工情形：若店铺未办理营业执照，员工可向劳动监察部门举报，由出资人按《非法用工单位伤亡人员一次性赔偿办法》支付工资及赔偿。

行动建议：

• 立即收集劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等证据；
  
• 优先通过劳动监察大队投诉（处理周期短，执行力强）；
  
• 若用人单位已注销或转移财产，同步申请财产保全，防止资产流失。
  

风险提示：
若用人单位以“查封属于不可抗力”为由拒付工资，该主张不成立。根据《民法典》第五百九十条，不可抗力需满足“不能预见、不能避免、不能克服”三要件，而行政查封通常因用人单位自身违法导致，不属于不可抗力范畴。

如有进一步证据材料或具体情节，可直接向我提供细节，我将结合地方规定给出更精准的解决方案。