自然人和有限责任公司合作时，若发生法人职务侵占，满足一定条件是可以立案的。以下从不同角度为您详细分析：

一、职务侵占罪的构成要件

职务侵占罪，是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。其构成要件包括：

1. 主体要件：犯罪主体为公司、企业或者其他单位的工作人员，包括自然人股东、董事、监事、高级管理人员等。在自然人与有限责任公司合作的场景中，若自然人担任了公司中的某一职务，并利用该职务便利实施侵占行为，则可能构成职务侵占罪。

2. 主观要件：犯罪主观方面为故意，且具有非法占有本单位财物的目的。

3. 客体要件：犯罪客体为公司、企业或者其他单位的财产所有权。

4. 客观要件：犯罪客观方面表现为利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。这里的“数额较大”，根据相关司法解释，通常指六万元以上。

二、自然人与有限责任公司合作时的职务侵占

在自然人与有限责任公司合作的场景中，若自然人担任了公司中的某一职务（如董事、监事、高级管理人员等），并利用该职务便利，将公司财物非法占为己有，且数额达到较大标准，则可能构成职务侵占罪。此时，若满足立案条件，公安机关应当予以立案。

三、立案条件及流程

1. 立案条件：

   • 有犯罪事实存在，即存在自然人利用职务便利侵占公司财物的行为；
   • 需要追究刑事责任，即该行为达到职务侵占罪的立案标准（数额较大）；
   • 属于公安机关管辖范围。

2. 立案流程：

   • 报案：公司或相关权利人向公安机关报案，并提供相关证据材料；
   • 审查：公安机关对报案材料进行审查，判断是否符合立案条件；
   • 立案：若符合立案条件，公安机关将予以立案，并开展侦查工作。

四、法律建议

1. 加强内部管理：公司应建立健全内部管理制度，明确各岗位的职责和权限，防止职务侵占行为的发生。

2. 及时报案：若发现职务侵占行为，公司应及时向公安机关报案，并提供相关证据材料，以便公安机关及时立案侦查。

3. 寻求法律帮助：在处理职务侵占案件时，公司可寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。

举例说明：假设自然人A与有限责任公司B合作，A担任B公司的财务总监。在合作期间，A利用职务便利，将B公司资金非法占为己有，数额达到十万元。此时，B公司可以向公安机关报案，并提供相关证据材料。若公安机关审查后认为符合立案条件，将予以立案侦查。

若您在自然人与有限责任公司合作过程中遇到类似问题，或有其他债权债务、破产重组方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。