公司否认劳动关系时，常采取的手段或办法主要包括以下几类，员工需有针对性地收集证据以维护自身权益：

一、书面材料方面的否认

1. 不签订书面劳动合同
   公司可能故意避免与员工签订书面劳动合同，试图以此规避法律责任。但根据《劳动合同法》规定，即使未签订书面合同，只要存在事实劳动关系（如实际提供劳动、接受管理、获取报酬），员工仍可主张权益。此时，员工需保留工资条、工作证、考勤记录等证据，证明劳动关系存在。

2. 伪造或否认关键文件
   公司可能伪造工资发放记录、社保缴纳记录等材料，试图证明员工非本公司员工。例如，若公司声称工资通过第三方发放，员工需提供银行流水、转账备注等证据，证明工资实际来源于公司或其关联方。

二、劳务关系主张

1. 提供劳务合同替代劳动合同
   公司可能主张与员工是劳务关系而非劳动关系，并出具劳务合同、工作任务安排记录等材料。此时，员工需从劳动关系特征入手反驳：

   • 管理性：劳动关系中，员工需遵守公司规章制度，接受考勤、考核等管理；而劳务关系中，双方地位平等，无严格管理关系。
     
   • 持续性：劳动关系通常具有长期、稳定特征；劳务关系多为一次性或短期合作。
     
   • 报酬支付：劳动关系中工资按月固定发放；劳务关系按项目或任务计酬，无固定周期。

2. 强调工作自主性
   公司可能以员工工作自主性大为由，否认劳动关系。例如，员工可自行安排工作时间、地点。但若员工仍需接受公司任务分配、进度监督等管理，则劳动关系仍可能成立。

三、考勤与计酬方式否认

1. 考勤系统排除
   公司可能声称员工不在独立考勤系统内，以此否认劳动关系。但若员工实际接受公司考勤管理（如通过微信、钉钉打卡），或公司通过其他方式记录出勤（如工作群签到），则考勤系统排除不成立。

2. 计酬方式差异
   公司可能以员工按项目计酬、无固定工资为由，否认劳动关系。但根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，若员工提供劳动是公司业务组成部分，且公司通过计酬方式控制劳动过程（如规定项目完成标准、时间），则劳动关系仍可能成立。

四、法律后果与应对建议

1. 公司举证责任
   根据《劳动争议调解仲裁法》，公司否认劳动关系需承担举证责任。若公司无法提供真实、合法、关联的证据（如伪造工资记录、考勤数据），则可能承担不利后果。

2. 员工应对策略

   • 收集证据：保留工资条、银行流水、工作证、考勤记录、工作群聊天记录等材料。
     
   • 申请仲裁：向劳动仲裁委员会申请确认劳动关系，并主张未签合同双倍工资、社保补缴等权益。
     
   • 诉讼维权：若仲裁不利，可向法院起诉，要求公司承担违法解除劳动关系等责任。

结语：公司否认劳动关系的形式多样，但员工无需恐慌。只要存在事实劳动关系，且员工能提供充分证据，法律将保护其合法权益。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业法律支持。