结论前置：员工在职期间违规，公司一般不可以因此不发工资。

详细分析：

1. 工资支付义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有义务按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是公司的法定义务，不因员工是否违规而免除。

2. 违规处理与工资支付的关系：

   • 员工在职期间违规，公司可以依据内部规章制度或劳动合同的约定，对员工进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、解雇等。
   • 但是，这些纪律处分并不直接等同于可以扣发或停发工资。除非劳动合同或公司规章制度中明确规定了违规行为与工资扣发的直接关联，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定。

3. 合法扣发工资的情形：

   • 即便在劳动合同或公司规章制度中有关于违规行为与工资扣发的规定，也必须确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，如不得低于最低工资标准，不得因非劳动者原因造成的停工、停产、歇业期间停发工资等。
   • 合法扣发工资的情形通常限于因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

4. 建议与风险提示：

   • 对于公司而言，如果员工违规，应当通过合法的纪律处分程序进行处理，而不是直接扣发或停发工资。
   • 如果公司确实需要因员工违规而扣发工资，应当确保有明确的劳动合同或公司规章制度作为依据，并且这些依据不违反法律法规的强制性规定。
   • 对于员工而言，如果公司无正当理由扣发或停发工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结与建议： 员工在职期间违规，公司一般不可以因此不发工资。公司应当通过合法的纪律处分程序对员工进行处理，而不是直接扣发或停发工资。如果公司确实需要因员工违规而扣发工资，应当确保有明确的法律依据，并且不违反法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。