公司规章制度中规定员工医疗期结束有义务配合劳动能力鉴定，这一条款在一般情况下是合法的，但具体合法性需结合实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律沿革与现行规定

• 《劳动法》与《劳动合同法》：这两部法律将医疗期满后不能从事原工作也不能从事用人单位另行安排的工作作为无过失解除劳动合同的类型之一，但并未明确规定医疗期满后必须进行劳动能力鉴定。
• 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》：该规定明确指出，医疗期满后，应当进行劳动能力鉴定。这里的“应当”表明，在该情形下，劳动能力鉴定具备一定的强制效力。但需注意，该规定以“经医生或医疗机构认定患有难以治疗的疾病”作为前提。
• 部门规章与地方性规定：不同地区和部门可能对此有更为详细的规定，如某些地方可能明确要求医疗期满后必须进行劳动能力鉴定，否则用人单位有权解除劳动合同。

2. 劳动能力鉴定的目的与意义

• 劳动能力鉴定是确定劳动者劳动能力丧失程度的重要依据，对于后续的工伤待遇、劳动合同解除或终止等相关事宜具有关键作用。
• 通过劳动能力鉴定，可以客观评估劳动者的身体状况和工作能力，为用人单位和劳动者提供合理的解决方案。

3. 劳动者拒绝鉴定的法律后果

• 一般情况：如果劳动者无正当理由拒绝进行劳动能力鉴定，用人单位可能无法准确评估劳动者的身体状况和工作能力，从而影响劳动合同的履行或解除。但这种情况并不直接导致劳动合同违法解除，除非地方性规定或劳动合同中有明确约定。
• 特殊情况：如果劳动者对鉴定机构的专业性存在质疑、鉴定过程存在不公正等情况，劳动者可以向相关部门提出申诉或要求重新鉴定。这种拒绝是基于合理且合法的原因，不应被视为违约行为。

4. 公司规章制度的合法性判断

• 合法性前提：公司规章制度中规定员工医疗期结束有义务配合劳动能力鉴定，这一条款本身并不违法，但需符合相关法律法规的规定，且不得侵犯劳动者的合法权益。
• 合理性审查：在判断该条款的合法性时，还需考虑其合理性。例如，条款是否明确规定了鉴定的程序、机构选择、费用承担等细节，以及劳动者拒绝鉴定时的处理方式等。

5. 建议与风险提示

• 对于劳动者：如果公司规章制度中有此类规定，建议您在医疗期满后积极配合进行劳动能力鉴定。如对鉴定过程或结果有异议，可通过合法途径提出申诉或要求重新鉴定。
• 对于用人单位：在制定公司规章制度时，应确保相关条款符合法律法规的规定，并明确鉴定的程序、机构选择、费用承担等细节。同时，应尊重劳动者的合法权益，避免因强制鉴定而引发劳动争议。

总结来说，公司规章制度中规定员工医疗期结束有义务配合劳动能力鉴定，在符合相关法律法规和合理性的前提下是合法的。但具体合法性需结合实际情况和地方性规定综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。