最高院在行政再审中，对于事实认定和法律适用存在瑕疵但结论正确的案件，是否会进行纠正，需分情况讨论：

1. 瑕疵不影响结论正确性时：

   • 若行政再审中发现的事实认定或法律适用瑕疵，并未对最终结论产生实质性影响，即结论的正确性不受这些瑕疵的动摇，那么最高院在再审过程中，可能会维持原判，不对这些瑕疵进行实质性的纠正。这是因为，再审程序的核心目的在于纠正重大错误，确保司法公正，而非对每一个细微瑕疵都进行修正。

2. 瑕疵影响结论正确性或程序公正时：

   • 若瑕疵对结论的正确性产生了实质性影响，或者虽然结论正确，但瑕疵的存在损害了程序的公正性，如违反了法定程序、剥夺了当事人的诉讼权利等，那么最高院在再审中很可能会对这些瑕疵进行纠正。这是因为，程序的公正性和结论的正确性是司法审判的两大基石，任何一方的缺失都可能损害司法的权威性和公信力。

3. 从法律原则和司法实践的角度：

   • 从法律原则上看，再审程序是对原审判决的全面审查，旨在纠正原审中的错误，确保司法公正。因此，对于事实认定和法律适用上的瑕疵，如果它们违反了法律原则或损害了当事人的合法权益，最高院在再审中应当予以纠正。
   • 从司法实践的角度看，最高院在处理再审案件时，会综合考虑案件的具体情况、瑕疵的性质和程度、以及纠正瑕疵对当事人和社会的影响等因素，来决定是否对瑕疵进行纠正。

建议与提醒：

• 对于当事人而言，如果认为原审判决在事实认定或法律适用上存在瑕疵，且这些瑕疵对结论的正确性或程序的公正性产生了实质性影响，那么可以向最高院申请再审，寻求司法救济。
• 在申请再审时，当事人应当提供充分的证据和理由，证明原审判决存在瑕疵，并说明这些瑕疵对结论或程序的影响。
• 同时，当事人也应当了解再审程序的复杂性和不确定性，做好充分的心理准备和法律准备。

后续行动指南：

• 若您面临此类情况，建议详细梳理原审判决中的瑕疵点，并准备相应的证据材料。
• 您可以向我进一步咨询再审申请的具体流程和注意事项，以便更好地维护自己的合法权益。