用人单位扣押劳动者证件的，将面临劳动行政部门的处罚，具体包括责令限期退还、罚款、行政处分，以及在造成损害时承担赔偿责任；情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、责令限期退还
根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人。这意味着，一旦用人单位被查实存在扣押劳动者证件的行为，劳动行政部门将要求其立即将证件归还给劳动者。
二、罚款
除了责令限期退还外，劳动行政部门还可以对用人单位处以罚款。罚款的具体数额根据情节轻重而定，但通常会有一定的标准范围。例如，在某些地区或情况下，可能规定对用人单位处以每人五百元以上二千元以下的罚款。这一处罚措施旨在通过经济手段，对用人单位的违法行为进行惩戒，并促使其改正错误。
三、行政处分
对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员，劳动行政部门还可以依法给予行政处分。行政处分包括警告、记过、撤职等多种形式，具体取决于违法行为的严重程度和造成的后果。这一处罚措施旨在通过行政手段，对用人单位的违法人员进行惩戒，并促使其在今后的工作中严格遵守法律法规。
四、赔偿损失
如果用人单位的扣押行为给劳动者造成了损害，那么用人单位还应当承担赔偿责任。这包括因扣押证件而导致的劳动者无法及时办理相关事务、错过重要机会等造成的经济损失。赔偿的具体数额将根据实际损失情况进行确定，并由用人单位进行赔偿。
五、情节严重的法律责任
在极端情况下，如果用人单位的扣押行为情节严重，可能构成犯罪。例如，如果用人单位长期扣押劳动者证件，并以此为要挟进行其他违法行为，那么可能构成非法拘禁罪、敲诈勒索罪等犯罪行为。在这种情况下，用人单位将依法被追究刑事责任，相关责任人员可能面临有期徒刑、罚金等严厉的刑罚。
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