用人单位扣押员工证件是违法的，且将面临严重的法律后果。以下是对此行为的详细分析：
明确的法律责任：
- 行政责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条，用人单位若扣押劳动者居民身份证等证件，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者本人，并依法给予处罚。这通常包括罚款等行政制裁措施。
- 民事赔偿责任：若因用人单位扣押证件导致劳动者遭受实际损失，如无法及时办理新工作入职手续而失去工作机会，劳动者有权要求用人单位承担赔偿责任。赔偿范围涵盖直接经济损失及合理预见的间接损失。
劳动关系层面的影响：
- 劳动合同解除与经济补偿：用人单位扣押证件严重违反劳动法律法规，损害了劳动者的信任，劳动者有权以此为由解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。经济补偿的标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 员工流失与招聘难度增加：扣押证件可能导致员工流失，增加用人单位的招聘成本，并降低其在人才市场上的吸引力。
企业信誉和社会形象的损害：
- 此类行为一旦曝光，将对用人单位的企业信誉和社会形象造成严重的负面影响，影响企业的竞争力和市场地位。
综上所述，用人单位扣押员工证件是违法的，且后果严重。为了避免这些不良后果，用人单位应当严格遵守相关法律法规，尊重员工的权益和尊严。同时，劳动者也应了解自己的权益，遇到类似情况时及时寻求法律援助，维护自己的合法权益。如果您或您身边的人遭遇了此类问题，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律帮助。