针对您提出的“综合计时工作制证明是否可以用总公司的证明”这一问题，我们需要从综合计时工作制的申请流程和相关规定出发进行详细解答。

首先，根据相关规定，企业实行特殊工时制度（包括综合计时工作制），应向企业法人营业执照注册地的区、县劳动保障行政部门提出申请。对于外地企业在京设立的分支机构，经法人授权后，也是向企业营业执照注册地的区、县劳动保障行政部门申请。这里的关键是，申请需要基于企业法人营业执照的注册地，并且申请材料需要反映申请企业的实际情况。

接下来，我们分析总公司的证明是否适用于分支机构或子公司申请综合计时工作制。总公司的证明，虽然能体现总公司的某些情况或政策，但并不直接反映分支机构或子公司的实际运营状况、员工构成、工作性质等关键信息。劳动保障行政部门在审批时，需要的是能够准确反映申请企业实际情况的材料，以确保审批的公正性和准确性。

因此，对于分支机构或子公司来说，使用总公司的证明来申请综合计时工作制是不合适的。它们应该根据自己的实际情况，准备包括但不限于企业法人营业执照副本及复印件（或法人授权书、营业执照副本及复印件）、企业工会对实行特殊工时制度的意见（或职工联名意见）、以及其他应当提交的证明材料等，来向当地劳动保障行政部门提出申请。

综上所述，综合计时工作制证明不能用总公司的证明来替代分支机构或子公司的申请材料。每个申请企业都应该根据自己的实际情况，准备并提交符合规定的申请材料。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。