核心结论：针对未按合同约定多支付工程费的情况，整改措施需结合合同条款、支付流程及法律规定，通过协商、法律程序或内部管理调整实现费用纠正。以下是具体整改方向及操作建议：

1. 核查合同条款与支付依据

• 合同审查：首先核对工程合同中关于工程款支付的具体条款（如支付节点、金额计算方式、验收标准等），确认多支付部分是否因合同条款理解偏差、计算错误或未达付款条件导致。
• 证据固定：收集支付凭证（如银行流水、发票、付款审批单）、工程进度报告、验收文件等，证明多支付事实及金额。

2. 与承包方协商解决

• 友好协商：优先通过书面函件或会议与承包方沟通，说明多支付情况，要求其返还超额部分。协商时需明确返还期限、方式（如原路退回或抵扣后续款项），并留存沟通记录。
• 补充协议：若承包方同意返还，可签订补充协议明确返还责任及违约条款（如逾期返还的利息或违约金），避免后续纠纷。

3. 法律途径追偿

• 起诉追偿：若协商无果，可依据《民法典》合同编中“不当得利”规定（第985条），向法院提起民事诉讼，要求承包方返还多收款项。需准备证据材料（合同、支付记录、沟通记录等）并委托律师代理。
• 申请财产保全：为防止承包方转移财产，可在起诉时申请法院冻结其银行账户或等值财产，确保执行效果。

4. 内部管理整改

• 流程优化：
  • 修订付款审批流程，增加合同条款核对环节，确保付款与合同约定一致；
  • 建立工程款支付台账，实时跟踪已付、应付及未付金额，避免重复或超额支付。
• 人员培训：对财务、工程管理部门进行合同管理及支付规范培训，强化风险意识。

5. 特殊情形处理

• 承包方破产或失联：若承包方无力返还，可向法院申请其破产清算，在破产程序中申报债权；若失联，需通过公告送达法律文书，并申请强制执行。
• 工程质量问题：若多支付与工程质量不达标相关，可依据合同约定主张质量赔偿，与返还多付款项合并处理。

行动建议：

1. 立即停止后续付款，避免损失扩大；
   
2. 委托律师发送律师函，正式催告返还；
   
3. 根据协商或诉讼结果，调整内部财务记录及合同台账。
   

如有进一步细节（如合同类型、支付方式、承包方态度等），可提供具体信息以便定制整改方案。