结论：公司不能因员工未支付培训协议中约定的违约金而不发工资，这种做法是违法的。

分析：

1. 工资与违约金的性质：

   • 工资是员工因提供劳动而应得的报酬，属于劳动报酬范畴，受《劳动法》和《劳动合同法》等法律法规的保护。
   • 违约金则是基于双方约定，当一方违反合同约定时，应向另一方支付的赔偿。在培训协议中，违约金通常用于约束员工在完成培训后的一定期限内不得离职。

2. 工资支付的强制性：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位必须按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的法定义务，不得以任何理由克扣或拖欠。
   • 如果公司因员工未支付违约金而不发工资，这实际上是在用工资来抵销违约金，这种做法违反了工资支付的强制性规定。

3. 违约金的合法性与合理性：

   • 虽然培训协议中可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果违约金数额过高或显失公平，员工有权要求调整或拒绝支付。
   • 此外，即使员工未支付违约金，公司也应通过合法途径来追讨，如提起民事诉讼等，而不能采取不发工资等违法手段。

4. 法律后果：

   • 如果公司因员工未支付违约金而不发工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
   • 同时，公司还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。

建议：

• 对于员工而言，如果公司因未支付违约金而不发工资，应首先与公司协商解决。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应遵守相关法律法规的规定，不得以不发工资等违法手段来追讨违约金。如果员工未支付违约金，公司可以通过合法途径来追讨，如提起民事诉讼等。

总结：工资与违约金是两个不同的法律概念，公司不能因员工未支付违约金而不发工资。这种做法违反了工资支付的强制性规定，员工有权通过法律途径来维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。