结论前置：合同工资5000元，到手3500元，这一情况是否合理，需结合具体情形判断，但通常情况下，若用人单位未经劳动者同意单方面降低工资，则不合理且可能违法。
工资差异的合法性分析
合同约定与实际履行：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律约束力，双方应严格履行。若合同中明确约定了工资为5000元，而用人单位实际只发放了3500元，且未经劳动者同意，则用人单位的行为可能构成违约。
工资调整的合法性：
- 工资调整需遵循法定程序和条件。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资。若用人单位未经协商，单方面降低工资，则可能违法。
- 此外，若用人单位因经营困难等原因需要降低工资，应与劳动者协商，并达成一致。若无法达成一致，用人单位应提前向劳动者说明情况，并按照法定程序进行经济性裁员或调整工作岗位等，而非直接降低工资。
工资支付的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若用人单位无故拖欠或克扣工资，则可能面临劳动行政部门的处罚，并需承担支付拖欠工资及赔偿金的责任。
可能的法律后果与建议
法律后果：
- 若用人单位未经劳动者同意单方面降低工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位补发工资差额，并可能获得赔偿金。
- 在劳动争议中，若劳动者主张按合同约定工资标准计算加班工资、经济补偿金等，而用人单位主张按实际发放工资标准计算，用人单位需承担举证责任。若无法提供充分证据证明双方对工资调整达成了一致，用人单位可能面临不利法律后果。
建议：
- 劳动者：若发现工资被无故降低，应首先与用人单位协商，要求补发工资差额。若协商无果，可向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守劳动合同约定，不得未经劳动者同意单方面降低工资。若因经营困难等原因需要调整工资，应与劳动者协商，并达成一致。同时，应建立健全的工资管理制度，确保工资支付的合法性和透明度。
实际操作中的注意事项
- 保留证据：无论是劳动者还是用人单位，都应保留好与工资相关的证据，如工资条、劳动合同、银行转账记录等，以便在发生争议时提供证明。
- 及时沟通：若发现工资存在异常，应及时与对方沟通，了解原因并寻求解决方案。避免因沟通不畅而导致争议升级。
- 依法维权：若无法通过协商解决争议，应依法向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：合同工资5000元，到手3500元，这一情况是否合理需结合具体情形判断。但通常情况下，若用人单位未经劳动者同意单方面降低工资，则不合理且可能违法。劳动者有权依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。