单位出具证人证词称原始考勤记录中的加班并非加班，而是嘉奖，这一行为是否合法，需从多个角度进行分析：

1. 证据的真实性与合法性：

   • 单位出具的证人证词，作为证据的一种，必须真实、合法，且与案件事实相关联。若证人证词的内容与实际考勤记录不符，或存在伪造、篡改证据的情况，则该证据不具有合法性，不能作为认定事实的依据。
   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”因此，单位有义务提供真实、合法的考勤记录作为证据。

2. 加班事实的认定：

   • 加班是指劳动者在正常工作时间之外，继续从事本职工作或单位安排的其他工作。加班事实的认定应基于实际的考勤记录、工作任务分配、工作成果等客观证据。
   • 若单位仅凭证人证词就否认加班事实，而缺乏其他客观证据支持，则这种否认可能缺乏说服力。因为证人证词可能受到证人主观认知、记忆偏差或利益关系等因素的影响。

3. 单位的举证责任：

   • 在劳动争议中，用人单位对是否安排劳动者加班、加班时长等事实负有举证责任。若单位无法提供充分、有效的证据证明其主张，则应承担不利后果。
   • 如果单位出具的证人证词是孤证，且没有其他证据（如考勤记录、工作任务单、加班申请单等）相佐证，那么该证人证词可能不足以证明单位的主张。

4. 可能的法律后果：

   • 若单位通过伪造、篡改证据或提供虚假证人证词等方式否认加班事实，从而逃避支付加班费等法律责任，则可能面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
   • 同时，劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼，要求单位支付应得的加班费及赔偿金等。

建议与行动：

• 若您认为单位出具的证人证词不真实或存在违法行为，建议您首先与单位进行沟通协商，要求单位提供真实、合法的考勤记录作为证据。
• 若沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉举报单位的违法行为。
• 您还可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求单位支付应得的加班费及赔偿金等。在仲裁过程中，您应提供充分的证据证明自己的加班事实及单位的违法行为。

总结：单位出具证人证词称原始考勤记录中的加班并非加班而是嘉奖，这一行为是否合法取决于证据的真实性与合法性、加班事实的认定以及单位的举证责任等多个因素。若您认为单位的这一行为存在问题，建议您及时采取法律措施维护自己的合法权益。