核心结论：公司发现职工违法经济犯罪行为当时未及时处理，后续可采取内部调查与补救、与职工协商、向公安机关报案、完善内部管理机制等措施，但需注意不同措施的适用条件和法律后果。

具体分析：

1. 内部调查与补救：

   • 公司应立即启动内部调查程序，收集相关证据，包括但不限于财务记录、交易凭证、电子邮件、聊天记录等，以明确职工的违法犯罪行为及造成的损失。
   • 根据调查结果，公司可采取补救措施，如追回损失、纠正错误交易、恢复被破坏的业务流程等，以减少损失并维护公司正常运营。

2. 与职工协商：

   • 在掌握充分证据的情况下，公司可尝试与涉事职工进行协商，要求其承认错误、赔偿损失并承诺不再犯。
   • 协商过程中，公司应确保协议内容合法、明确，并尽可能以书面形式记录，以备后续法律程序使用。
   • 需注意，协商并不免除职工的法律责任，若职工拒绝配合或协商无果，公司应考虑采取其他法律措施。

3. 向公安机关报案：

   • 若职工的违法犯罪行为涉嫌犯罪，如贪污、挪用资金、职务侵占等，公司应及时向公安机关报案，并提供相关证据材料。
   • 报案后，公安机关将依法进行调查，若认定职工构成犯罪，将依法追究其刑事责任。
   • 公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。

4. 完善内部管理机制：

   • 针对此次事件，公司应深入分析原因，查找内部管理漏洞，如财务审批流程、内部审计制度、员工培训等。
   • 根据分析结果，公司应完善相关管理制度，加强内部控制，提高风险防范能力，防止类似事件再次发生。

注意事项：

• 在处理过程中，公司应确保所有行动均符合法律法规要求，避免侵犯职工的合法权益。
• 若涉及复杂法律问题或不确定如何处理，公司应及时寻求专业法律意见，以确保处理方案的合法性和有效性。
• 公司应保持与职工的沟通渠道畅通，及时告知处理进展和结果，以维护公司形象和员工关系。