公安机关发现公司存在重大违法行为后，通常会根据违法行为的性质、情节及社会危害程度，依法采取一系列调查、处理措施，具体流程和处理方式如下：
立案侦查
若公司行为涉嫌犯罪（如诈骗、非法集资、污染环境、生产销售伪劣产品等），公安机关会依据《刑事诉讼法》立案侦查。此时会成立专案组，对公司及相关责任人展开调查，包括但不限于：
- 调取公司账目、合同、交易记录等书面证据；
- 询问公司员工、客户、供应商等关联人员；
- 查封、扣押涉案财物（如资金、设备、产品等）；
- 对涉嫌犯罪的直接责任人采取刑事强制措施（如拘留、逮捕）。
行政调查与处罚
若公司行为违反行政法规但未构成犯罪（如超范围经营、未依法纳税、违反安全生产规定等），公安机关可能将案件移交至相关行政主管部门（如市场监管局、税务局、应急管理局等），由其依法作出行政处罚，包括：
- 罚款、没收违法所得；
- 责令停业整顿、吊销许可证或营业执照；
- 对直接负责的主管人员和其他责任人员给予行政处分。
注：若违法行为同时涉及刑事和行政责任，公安机关会优先处理刑事部分，行政处罚可能并行或后续执行。
追缴违法所得与赔偿
- 刑事案件中：根据《刑法》第六十四条，公安机关会追缴公司违法所得，退赔被害人损失；若无法退赔，可能通过拍卖涉案财物弥补损失。
- 行政案件中：行政主管部门会责令公司退还非法所得，并可能要求其承担民事赔偿责任（如因违法行为导致他人损失的，需依法赔偿）。
企业合规整改与信用惩戒
- 若公司违法行为情节较轻且愿意配合调查，公安机关或行政主管部门可能要求其限期整改，并提交合规报告；
- 严重违法者可能被列入“严重违法失信名单”，在政府采购、招投标、信贷融资等方面受到限制。
刑事责任追究
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，公安机关会依法追究刑事责任。常见罪名包括：
- 单位犯罪：公司作为独立主体被判处罚金，同时责任人承担个人刑罚（如诈骗罪、非法经营罪等）；
- 个人犯罪：责任人以自然人身份被追究责任（如职务侵占罪、挪用资金罪等）。
温馨提示：公司若被公安机关调查，应立即停止违法行为，积极配合调查，并委托专业律师介入，以最大限度维护合法权益。若您遇到类似问题，可直接向我咨询具体应对方案。