当市场监管局发现公司有违法犯罪行为时，他们会根据相关法律法规进行严肃处理。以下是对这一流程和处理方式的详细解答：

首先，市场监管局在发现公司存在违法犯罪行为后，会进行详细的调查和取证，以确保掌握充分的事实依据。这一步骤是后续处理的基础，也是确保处理结果公正、准确的关键。

接下来，根据调查的结果，市场监管局会依据相关法律法规对公司进行处罚。处罚的种类和程度会根据违法行为的性质、情节以及造成的后果等因素来确定。常见的处罚方式包括：

1. 罚款：对于轻微的违法行为，市场监管局可能会对公司处以一定数额的罚款，以示惩戒。
2. 没收违法所得和非法财物：如果公司通过违法行为获得了不当利益或非法财物，市场监管局会依法予以没收，以消除违法行为的直接经济后果。
3. 责令改正：对于某些可以纠正的违法行为，市场监管局会责令公司限期改正，以恢复正常的市场秩序。
4. 责令停业整顿：对于情节较为严重的违法行为，市场监管局可能会责令公司停业整顿，以进行内部整改和反思。
5. 吊销营业执照：在极端情况下，如果公司的违法行为极其严重，或者多次违法且屡教不改，市场监管局可能会吊销公司的营业执照，即取消公司的经营资格。

此外，如果相关法律对特定违法行为的处罚有特别规定，市场监管局会依照这些特别规定执行。例如，在某些行业中，可能存在特定的法律法规对违法行为进行更为严格的处罚。

值得注意的是，市场监管局的处罚决定并不是最终的。如果公司对处罚决定有异议，可以向做出处罚的市场监管局申请更正或者撤回。同时，市场监管局也会对其公开的文书的真实性负责，并确保处理过程的透明和公正。

综上所述，市场监管局对公司违法犯罪行为的处理是一个严谨、公正的过程，旨在维护市场秩序和保护消费者权益。公司应该严格遵守相关法律法规，避免违法行为的发生，以确保自身的合法经营和持续发展。