在交通事故中，对方是否起诉挂靠公司，取决于受害人的选择及案件具体情况。以下从不同角度进行分析：
一、挂靠关系下的责任承担
在机动车挂靠从事道路运输经营发生交通事故的情况下，被挂靠人与挂靠人对外承担连带责任。这意味着，从实体权利和程序权利上，受害人既可以要求被挂靠人承担责任，也可以要求挂靠人承担责任。因此，如果受害人选择起诉挂靠公司（即被挂靠人），这是完全合法的。
二、受害人的起诉选择
仅起诉挂靠公司：
- 由于挂靠关系并非总是公之于众，受害人可能难以知悉挂靠的存在与否。在这种情况下，受害人仅起诉被挂靠人（挂靠公司）承担责任是合理的，且无须证明被挂靠人和挂靠人之间的内部关系。作为名义运营人，被挂靠公司当然需要承担赔偿责任。
同时起诉挂靠公司和挂靠人：
- 受害人也有权选择同时起诉挂靠公司和挂靠人，要求他们共同承担责任。这是基于连带责任的原则，受害人可以请求部分或者全部连带责任人承担责任。
挂靠公司提出抗辩并请求追加挂靠人：
- 如果被挂靠公司（挂靠公司）提出挂靠关系予以抗辩，并请求追加挂靠人为共同被告，原则上应征求原告即受害人的意见。如果受害人不同意追加为被告，从有利于查明事实及挂靠人与被挂靠人之间纠纷一并解决的角度，可以追加挂靠人为第三人。但也有观点认为，即便当事人不申请追加或者拒绝追加的，也应依职权追加为共同被告。不过，从尊重当事人的诉讼权利及意思自治的角度出发，追加为第三人可能更为合适。
三、法律建议
对于受害人：
- 在发生交通事故后，如果怀疑对方车辆存在挂靠关系，可以积极调查取证，了解挂靠公司和挂靠人的具体情况。
- 在起诉时，可以根据自己的判断和证据情况，选择起诉挂靠公司、挂靠人或者两者同时起诉。
对于挂靠公司：
- 如果被卷入交通事故诉讼中，应积极应诉，并提供相关证据证明自己与挂靠人之间的关系以及责任承担情况。
- 如果认为挂靠人应承担部分或全部责任，可以提出抗辩并请求追加挂靠人为共同被告或第三人。
对于挂靠人：
- 如果被追加为共同被告或第三人，应积极参与诉讼，提供相关证据证明自己的责任承担情况。
- 如果认为挂靠公司应承担主要责任，可以在诉讼中提出相应的抗辩意见。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类纠纷时，建议根据案件的具体情况和证据材料来制定相应的诉讼策略。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。