公司不配合员工申请补贴，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 明确补贴性质与法律依据：

   • 首先，员工需要明确所申请的补贴性质，比如是政府提供的就业补贴、技能提升补贴，还是公司内部设定的福利补贴。不同性质的补贴，其申请流程和法律依据可能有所不同。
   • 若是政府补贴，通常会有明确的政策文件和申请流程，员工可以依据相关政策要求公司配合。若是公司内部补贴，则需参考公司规章制度或劳动合同中的相关约定。

2. 与公司沟通协商：

   • 员工应尝试与公司进行友好沟通，了解公司不配合的具体原因。可能是公司对补贴政策不了解，或是存在误解。
   • 在沟通过程中，员工可以出示相关政策文件或公司规章制度，说明自己符合申请补贴的条件，并请求公司协助完成申请流程。

3. 收集证据并准备投诉：

   • 如果公司拒绝配合且无正当理由，员工应开始收集相关证据，如政策文件、公司规章制度、劳动合同、沟通记录等。
   • 员工可以向当地劳动监察部门投诉，说明公司不配合申请补贴的情况，并提交收集到的证据。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司配合员工申请补贴。

4. 申请劳动仲裁：

   • 如果投诉无果，员工还可以考虑向劳动仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，员工需要提交充分的证据来证明自己的主张，即公司不配合申请补贴且该补贴属于员工应得的权益。
   • 劳动仲裁机构将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。如果裁决支持员工的请求，公司将被要求配合员工申请补贴，并可能承担因不配合而产生的法律责任。

5. 法律后果与风险提示：

   • 公司不配合员工申请补贴可能面临法律责任，包括被劳动监察部门处罚、被劳动仲裁机构裁决承担不利后果等。
   • 员工在维护自己权益的同时，也应注意遵守法律程序，避免采取过激行为或侵犯公司合法权益。

行动建议：

• 员工应首先尝试与公司沟通协商，了解不配合的具体原因并寻求解决方案。
• 如果沟通无果，员工应开始收集相关证据，并考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 不同地区的补贴政策和申请流程可能有所不同，员工在申请前应详细了解当地政策。
• 如果员工对法律程序不熟悉或担心自己无法有效维护权益，可以寻求专业律师的帮助。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。