针对您提出的“公务员身份考上事业编什么阶段辞职，以及调档的话组织部会同意调出档案吗”的问题，我将结合相关政策与流程，为您进行详细解答。
一、关于辞职阶段的选择
当您以公务员身份考上事业编后，若考虑辞职以进入新的事业单位，辞职的时机选择至关重要。一般来说，在您确定已被事业编录取，并且新单位已明确表示愿意接收您，同时您也完成了新单位的入职前准备（如体检、政审等）后，再向原公务员单位提出辞职申请，是较为稳妥的做法。这样做可以确保您不会因辞职而失去新工作的机会，同时也能避免因未完成入职手续而给新单位带来不便。
二、关于调档与组织部的审批
调档流程：
- 当您确定要辞职并进入新的事业单位后，新单位会向您原公务员单位或档案管理部门发出调档函。
- 您原单位或档案管理部门在收到调档函后，会按照相关规定审核您的档案，确认无误后，会通过机要通信、专人送取或邮政特快专递等方式将档案转递至新单位。
组织部的审批：
- 对于公务员身份的人员，其档案通常由组织部管理。当您提出辞职并申请调档时，组织部会根据您的辞职申请、新单位的接收证明以及您的个人表现等因素进行综合审批。
- 如果组织部认为您的辞职理由充分，且新单位愿意接收您，同时您的档案中没有影响调动的违规违纪记录，那么组织部通常会同意调出档案。但需要注意的是，具体审批结果还会受到您原单位是否愿意放人、新单位是否有空余编制等因素的影响。
三、建议与注意事项
- 提前沟通：在辞职前，建议您与原单位和新单位进行充分沟通，确保双方都同意您的调动，并明确调动的具体时间和流程。
- 遵守规定：在辞职和调档过程中，务必遵守相关政策和规定，确保所有手续都合法合规。
- 保留证据：在办理辞职和调档手续时，建议您保留好所有相关证据和文件，以备不时之需。
综上所述，当您以公务员身份考上事业编后，若考虑辞职并进入新单位，应在确定新单位愿意接收您且已完成入职前准备后，再向原单位提出辞职申请。同时，调档过程中组织部的审批会受到多种因素的影响，但只要您符合相关规定且手续齐全，通常都能顺利完成调档。希望这些解答能对您有所帮助。