结论前置：
- 值得申请劳动仲裁：若被克扣的两千多元属于应得工资或合法劳动报酬，且公司无正当理由克扣，您完全有权申请劳动仲裁以维护自身权益。
- 具体操作建议：在申请劳动仲裁前，建议先与公司协商解决；若协商无果，再准备相关证据材料申请劳动仲裁。
详细分析：
一、是否值得申请劳动仲裁
从法律角度来看，任何被克扣的合法劳动报酬都值得通过法律途径来维护。两千多元虽然不是一笔巨大的数目，但它代表了您的劳动成果和应得的回报。如果公司无正当理由克扣您的工资，这既违反了劳动合同的约定，也违反了劳动法的相关规定。因此，从维护自身合法权益的角度出发，申请劳动仲裁是完全值得的。
二、申请劳动仲裁前的准备与操作
与公司协商：
- 在决定申请劳动仲裁之前，您可以先尝试与公司进行协商，看是否能够达成和解。协商时，您可以明确指出公司克扣工资的行为违反了劳动合同和劳动法的规定，并要求公司立即补发被克扣的工资。
- 如果公司同意补发工资，那么问题就得到了解决，无需再申请劳动仲裁。
准备证据材料：
- 如果协商无果，您需要准备相关的证据材料来支持您的仲裁申请。这些证据材料可能包括：劳动合同、工资条、银行转账记录、公司克扣工资的通知或证明等。
- 证据材料需要真实、合法、有效，能够充分证明公司克扣了您的工资。
申请劳动仲裁：
- 您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
- 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，仲裁委员会会安排开庭审理，并作出裁决。
三、可能的法律后果
如果仲裁裁决支持您：
- 公司需要按照仲裁裁决的结果补发被克扣的工资，并可能承担一定的法律责任（如支付滞纳金、赔偿金等）。
如果仲裁裁决不支持您：
- 这可能意味着您提供的证据材料不足以证明公司克扣了您的工资，或者公司有合理的理由进行克扣。在这种情况下，您可以考虑是否进一步通过法律途径（如诉讼）来维护自己的权益。
最后建议：在整个过程中，如果您感到困惑或不确定如何操作，可以随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。