结论前置：见习岗干完三个月辞职，一般需提前通知用人单位，并按单位要求办理离职手续，同时注意保留相关证据。以下是具体程序和注意事项：

1. 提前通知用人单位
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内（包括见习期，若被认定为试用期性质），劳动者提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。因此，若见习岗被明确为试用期，您只需提前三日通知；若未明确，建议按三十日通知，以避免纠纷。通知应以书面形式（如邮件、书面辞职信）进行，并保留送达证据。

2. 办理离职手续
   用人单位通常会在您提出辞职后，安排办理离职手续，包括但不限于：

   • 交接工作：将手头工作、文件、资料等移交给接手人员或指定负责人，确保工作连续性。
     
   • 归还财物：归还公司提供的办公设备、工具、门禁卡、工作服等物品。
     
   • 结算工资：确认工资、奖金、补贴等是否结清，避免后续争议。
     
   • 办理社保、公积金转移：若涉及，需配合单位办理相关手续。
     建议全程保留书面或电子记录，如交接清单、归还确认单等。

3. 注意保留证据
   为防止用人单位以“未提前通知”“未办理交接”等理由扣减工资或拒绝出具离职证明，您需保留以下证据：

   • 辞职通知的送达证据（如邮件发送记录、书面辞职信的签收单）。
     
   • 离职手续办理的确认文件（如交接清单、归还物品确认单）。
     
   • 工资结算的凭证（如工资条、银行转账记录）。
     若用人单位拒绝出具离职证明，您可依据《劳动合同法》第五十条，要求其出具；拒不出具的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

4. 特殊情况处理

   • 见习协议约定：若您与单位签订的是《见习协议》而非《劳动合同》，需查看协议中是否对辞职程序有特殊约定（如提前通知期限、违约金等）。若有约定且不违反法律强制性规定（如违约金仅限于服务期或竞业限制），需按约定履行。
     
   • 单位拖延：若单位以“未招到接替人员”“项目未完成”等理由拖延办理离职，您可明确告知其无权阻止您离职，并坚持按法定程序办理。若单位扣减工资或拒绝出具离职证明，可依法维权。

温馨提示：辞职是劳动者的合法权利，但需按法定程序进行，避免因程序瑕疵引发纠纷。若在辞职过程中遇到单位刁难或权益受损，可随时向我咨询，我会为您提供详细解决方案。