核心结论：单位以旷工处理您的行为可能不合法，您有权通过合法途径维护自身权益。以下是具体分析：

1. 休养期届满但未康复，单位能否按旷工处理？

• 法律分析：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可延长，但需经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认。
• 关键点：若医生开具的休养期属于停工留薪期的一部分，且您未超出法定或确认的期限，单位无权以旷工为由处理。即使休养期届满，若您仍需治疗或无法工作，应通过劳动能力鉴定确定是否需要延长停工留薪期或调整工作安排。

2. 单位行为可能存在的违法点

• 未履行协商义务：单位在未与您协商或未要求您提供医疗证明的情况下，直接按旷工处理，可能违反《劳动合同法》第四条关于用人单位决策需民主程序的规定。
• 侵犯工伤权益：若您处于工伤恢复期，单位单方面解除劳动关系或扣减工资，可能构成对《工伤保险条例》的违反，您有权要求单位继续支付工资或恢复劳动关系。

3. 您的应对措施

• 收集证据：保留医生开具的休养证明、工伤认定书、劳动合同等材料，证明您处于工伤恢复期且无法工作。
• 与单位沟通：书面要求单位说明处理依据，并引用《工伤保险条例》第三十三条，要求单位停止不当处理。
• 投诉或仲裁：若单位拒不改正，可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张单位支付停工留薪期工资、恢复劳动关系或赔偿损失。

4. 特殊情况提醒

• 医疗期与停工留薪期的区别：若您已超出停工留薪期但仍在医疗期内（根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》），单位同样不能以旷工为由解除合同，但需按医疗期规定支付病假工资。
• 主动辞职的风险：若您因单位压力主动辞职，可能丧失主张工伤待遇的权利，建议谨慎处理。

建议：立即与单位书面沟通，明确拒绝旷工处理，并同步准备证据材料。如需进一步帮助，可直接向我咨询具体操作步骤。