核心结论：上游企业在5年内因虚开发票被查，下游企业善意取得虚开发票的追征时效需分情况讨论，具体如下：

1. 若税务机关已认定下游企业为善意取得
   根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号），若下游企业能证明交易真实、支付对价合理且无主观故意，税务机关通常不会追缴已抵扣税款。此时追征时效问题不成立，因善意取得本身已排除违法性。

2. 若税务机关未认定善意取得或后续推翻认定
   根据《税收征收管理法》第五十二条，因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误造成的未缴或少缴税款，税务机关在三年内可追征；有特殊情况的，追征期可延长至五年。若下游企业被认定为“非善意取得”（如明知发票虚开仍接受），则追征时效为五年，从税款应缴未缴之日起计算。

3. 关键时间节点

   • 五年追征期的起算点：通常为税款申报期届满次日或税务机关发现违法行为之日（以较早者为准）。
     
   • 例外情形：若下游企业存在偷税、抗税、骗税等故意行为，追征期不受五年限制，税务机关可无限期追征。

实务建议：

• 下游企业应立即自查交易真实性，保留合同、付款凭证、物流单据等证据，证明善意取得的主观要件。
  
• 若税务机关启动追征程序，企业可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，主张善意取得的合法性。
  
• 虚开发票链条中，下游企业即使被认定为善意取得，也可能面临发票作废、进项转出等行政处理，需提前评估税务合规风险。

如有进一步细节需分析（如具体交易模式、税务机关认定依据等），可直接向我咨询。