挂靠公司是否有义务支付农民工工资，需分情况讨论：
1. 若挂靠公司实际参与用工管理
- 核心结论：挂靠公司需承担支付工资的义务。
- 法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》第十八条，用工单位使用个人、不具备合法经营资格的单位或者未依法取得劳务派遣许可证的单位派遣的农民工，拖欠农民工工资的，由用工单位清偿，并可以依法进行追偿。若挂靠公司直接管理农民工（如安排工作、考勤、发放部分工资等），则属于实际用工单位，需承担支付责任。
- 实务要点：实践中，若挂靠公司与农民工存在事实上的劳动关系（如签订劳动合同、缴纳社保、直接支付工资等），法院可能认定挂靠公司为用人单位，需支付工资及经济补偿。
2. 若挂靠公司仅出借资质，未参与用工管理
- 核心结论：挂靠公司可能承担连带责任，但非直接支付义务。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第九十四条，个人承包经营违反本法规定招用劳动者，给劳动者造成损害的，发包的组织与个人承包经营者承担连带赔偿责任。若挂靠公司将工程发包给无资质的个人或单位，导致农民工工资被拖欠，挂靠公司需与实际用工方承担连带清偿责任。
- 实务要点：此类案件中，农民工可同时起诉挂靠公司和实际用工方，要求二者共同支付工资。法院会重点审查挂靠公司是否尽到资质审查义务、是否参与用工管理等因素。
3. 若挂靠协议明确约定工资支付责任
- 核心结论：协议内部有效，但不得对抗农民工的工资请求权。
- 法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力。若挂靠协议约定由被挂靠方（如包工头）支付工资，该约定对挂靠公司和被挂靠方有效，但不得对抗农民工。农民工仍可要求挂靠公司承担责任，挂靠公司清偿后可根据协议向被挂靠方追偿。
- 实务要点：挂靠协议的内部约定不能免除挂靠公司对外的法律责任，但可作为事后追偿的依据。
法律建议
对农民工：
- 保留与挂靠公司或实际用工方存在劳动关系的证据（如工作证、考勤记录、工资条等）。
- 若工资被拖欠，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，同时起诉挂靠公司和实际用工方。
对挂靠公司：
- 严格审查被挂靠方的资质，避免将工程发包给无资质的个人或单位。
- 在挂靠协议中明确工资支付责任，并监督被挂靠方按时足额支付工资。
- 若被挂靠方拖欠工资，及时介入处理，避免承担连带责任。
总结：挂靠公司是否需支付农民工工资，需结合其是否参与用工管理、挂靠协议约定及实际用工情况综合判断。若您遇到此类纠纷，可直接向我咨询，我会根据具体案情提供详细法律方案。