针对您提出的“女员工怀孕后长期请假怎么处理”的问题，这涉及到女职工在孕期的劳动保护权益，以下是根据相关法律法规给出的详细解答：
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》以及各地如河南省、辽宁省等制定的女职工劳动保护特别规定或办法，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、福利待遇，或限制其晋职、晋级、评聘专业技术职务，更不得辞退女职工或单方面解除劳动（聘用）合同。这是保护女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期权益的基本原则。
对于女员工怀孕后长期请假的情况，用人单位应采取以下措施：
调整工作岗位：如果女员工因怀孕不能适应原岗位工作，用人单位应予以减轻劳动量或者暂时安排其他能够适应的岗位。这是为了保障女员工的身体健康和胎儿的安全。
保障产前检查时间：女员工在劳动时间内进行产前检查的，所需时间应计入劳动时间。这意味着女员工不需要因为产前检查而额外请假，其工资和福利待遇也不应因此受到影响。
合理安排休息时间：对于怀孕不满3个月且妊娠反应严重，或者怀孕7个月以上的女员工，用人单位不得延长其劳动时间或者安排其从事夜班劳动，并在每日劳动时间内安排不少于1小时的休息时间。这是为了保障女员工的休息和身体健康。
处理请假事宜：如果女员工因怀孕需要长期请假，用人单位应与其协商请假事宜，包括请假期限、工资待遇等。在协商过程中，用人单位应尊重女员工的合法权益，不得强迫其提前返岗或降低其工资待遇。
遵守法律法规：用人单位在处理女员工怀孕后长期请假的问题时，必须严格遵守相关法律法规，不得侵犯女员工的合法权益。如果用人单位违反规定，女员工有权向有关部门投诉、举报、申诉，并依法维护自己的权益。
综上所述，对于女员工怀孕后长期请假的情况，用人单位应给予充分的理解和支持，合理安排其工作岗位和休息时间，保障其合法权益不受侵犯。同时，女员工也应了解自己的权益和义务，积极与用人单位沟通协商，共同维护良好的劳动关系。