针对孕期想长期休病假的员工处理问题，这涉及到对孕期女职工的特殊保护以及企业的人力资源管理政策。以下是一些详细且具有深度的建议：
首先，依据法律法规进行保护：
根据《女职工劳动保护特别规定》以及地方性的女职工劳动保护办法（如《山东省女职工劳动保护办法》），用人单位有义务对孕期女职工给予特殊保护。这包括但不限于：
不安排孕期禁忌从事的劳动：如作业场所空气中含有有毒物质、高处作业、冷水作业、低温作业等。
根据医疗机构证明调整工作：如果孕期女职工不能适应原安排的劳动，用人单位应根据医疗机构的诊断证明，减轻其劳动量或者安排其他能够适应的劳动。
保障产前检查时间：孕期女职工在劳动时间内进行产前检查的，所需时间应计入劳动时间。
特殊休息安排：对于怀孕不满3个月且妊娠反应剧烈的，以及怀孕7个月以上的女职工，用人单位应在劳动时间内安排一定的休息时间。
其次，关于长期休病假的处理：
协商与沟通：如果孕期女职工上班确有困难并申请离岗休息，用人单位应与其进行协商。这包括了解员工的身体状况、医生的建议以及员工对休息时间的期望。
制定合理方案：根据协商结果，用人单位可以制定合理的休息方案。这可能包括短期病假、长期病假、无薪休假或者调整工作岗位等。重要的是要确保方案既符合法律法规的要求，又能满足员工的实际需求。
保留相关证据：在处理孕期女职工的病假申请时，用人单位应要求员工提供医疗机构的诊断证明和相关病历资料。这些证据将有助于用人单位在必要时证明其决策的合理性。
关注员工福利：除了基本的病假待遇外，用人单位还可以考虑为孕期女职工提供额外的福利和支持，如提供孕妇休息室、安排灵活的工作时间等。
最后，注意事项：
避免歧视：用人单位在处理孕期女职工的病假申请时，应确保决策过程公平、公正，避免对员工造成歧视。
遵守法律法规：用人单位应严格遵守相关法律法规的要求，确保对孕期女职工的保护措施到位。
及时沟通与反馈：用人单位应与孕期女职工保持及时沟通，了解其身体状况和工作需求的变化，并根据实际情况调整保护措施。
综上所述，处理孕期想长期休病假的员工需要用人单位在遵守法律法规的基础上，与员工进行充分协商和沟通，制定合理的休息方案，并关注员工的福利和需求。