针对您提出的“员工休长病假到期怎么处理”的问题，这是一个涉及劳动法规定和公司实务操作的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，员工病假到期后的处理方式主要取决于医疗期是否已满以及员工的具体情况。
一、医疗期未满的情况
员工未继续办理病假手续：
- 如果员工在病假期满后未继续办理病假手续且未回公司工作，公司应当首先进行书面催告，告知员工已经构成旷工行为，并给予其限期补办病假手续的机会。
- 如果员工在限期内仍未补办手续或回公司工作，且旷工达到一定的天数（根据公司规章制度或劳动合同约定），则构成严重违规，公司可以依法与其解除劳动合同。
员工继续办理新的病假手续：
- 如果员工在医疗期未满的情况下继续办理新的病假手续，公司应当依法让其继续享受医疗期，并按照相关规定支付病假工资或疾病救济费。
二、医疗期已满的情况
确认员工不能从事原工作：
- 医疗期满后，公司应以书面形式要求员工确认其不能从事原工作。这是后续处理的重要依据。
另行安排工作：
- 在确认员工不能从事原工作后，公司应当给其另行安排工作，并通知员工上班。这是公司的法定义务，也是保障员工权益的重要措施。
员工继续请假不来上班：
- 如果员工在另行安排工作后继续请假不来上班，则构成了“不能从事由用人单位另行安排的工作”。此时，公司需要员工书面确认这一情况。
- 根据《劳动合同法》第四十条第一项规定，公司可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。同时，公司应当依法支付相应的经济补偿。
劳动能力（复工）鉴定：
- 如果双方对员工是否能够从事原工作或者新工作存在争议，可以根据当地规定进行劳动能力（复工）鉴定。鉴定结果将作为处理争议的重要依据。
三、病假工资支付问题
- 关于超过法定医疗期是否需要支付病假工资的问题，实践中存在一定的争议。但一般来说，如果当地明确规定超过医疗期仍需支付病假工资的，公司应当按照不低于规定的标准支付；如果当地规定没有区分是否在医疗期内的，超过医疗期也应当按照不低于规定的标准支付；如果当地规定只明确了医疗期内的支付标准，公司可以按照低于规定的标准支付或者不支付（但需注意风险）；如果公司规章制度或劳动合同约定了需要支付病假工资的，无论当地有没有规定，都需要按照制度或约定支付（且支付标准不得低于法律规定）。
综上所述，员工休长病假到期后的处理方式需要根据医疗期是否已满、员工的具体情况以及当地的规定和公司的规章制度来综合判断。公司应当遵循相关法律法规和规章制度，保障员工的合法权益，同时也维护公司的正常运营秩序。