针对您提出的“员工盗窃甲方东西，乙方公司怎么赔偿”的问题，这实际上涉及到了两个层面的法律关系：一是员工与甲方（被盗方）之间的侵权关系，二是乙方公司（员工所属公司）可能因此承担的责任及后续处理。不过，从常规理解来看，乙方公司本身并不直接因员工的盗窃行为而对甲方进行赔偿，除非存在特定的合同关系或法律责任（如选任、监督过失等，但这在一般情况下较为罕见）。以下，我将主要从乙方公司如何处理此类事件及可能涉及的赔偿原则的角度进行解答：
一、员工盗窃行为的法律性质及处理
法律性质：员工盗窃甲方财物，首先构成对甲方的侵权行为，应依法承担民事赔偿责任。若盗窃数额较大或存在其他严重情节，还可能构成刑事犯罪，需承担刑事责任。
乙方公司的处理：
- 立即调查：乙方公司发现员工盗窃行为后，应立即进行内部调查，确认事实真相。
- 报警处理：若盗窃行为属实，且数额较大或情节严重，乙方公司应向公安机关报案，由司法机关依法处理。
- 配合调查：乙方公司应积极配合司法机关的调查工作，提供必要的证据和资料。
二、赔偿原则及方式
员工对甲方的赔偿：
- 返还财物：若被盗财物仍存在，员工应返还给甲方。
- 照价赔偿：若财物已损坏或无法返还，员工应按财物的实际价值进行赔偿。实际价值可参考购买价格并结合使用年限折旧计算。
- 其他经济损失：若盗窃行为给甲方造成其他经济损失（如生产停滞的额外成本等），员工也应予以赔偿。
乙方公司的责任：
- 一般情况：在大多数情况下，乙方公司并不直接因员工的盗窃行为而对甲方进行赔偿。除非乙方公司在选任、监督员工方面存在过失，且该过失与盗窃行为的发生有直接因果关系。
- 合同关系：若乙方公司与甲方之间存在特定的合同关系，且合同中明确规定了乙方公司对员工行为的担保责任或赔偿责任，则乙方公司需按合同约定进行赔偿。
赔偿方式：
- 协商赔偿：员工与甲方可以协商确定赔偿方式和金额。若从员工工资中扣除赔偿款，每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 司法途径：若双方无法就赔偿达成一致，甲方可以收集证据（如监控录像、物品采购凭证、证人证言等），通过劳动仲裁或向法院起诉的方式要求员工赔偿损失。
三、乙方公司的预防措施
为避免类似事件的发生，乙方公司可以采取以下预防措施：
- 加强员工教育：定期开展法律意识和职业道德教育，提高员工的法律素养和道德水平。
- 完善内部管理：建立健全的内部管理制度，加强对员工行为的监督和约束。
- 安装监控设备：在关键区域安装监控设备，以便及时发现和制止盗窃行为。
综上所述，乙方公司本身并不直接因员工的盗窃行为而对甲方进行赔偿，除非存在特定的合同关系或法律责任。乙方公司应主要关注于如何处理此类事件、配合司法机关的调查工作，并采取预防措施避免类似事件的发生。