民宿房间设置在公寓的不同楼层，在合法合规经营的前提下，是合法的。不过，这一行为的合法性需结合多个因素综合判断，以下从不同角度进行分析：

1. 规划与用途合规性

• 核心前提：公寓的规划用途需允许商业经营（如商住两用）。若公寓规划为纯住宅，擅自改为民宿可能违反《城乡规划法》或地方性法规。
• 法律建议：
  • 确认公寓的《土地使用权证》和《建设工程规划许可证》中是否明确允许商业用途。
  • 若规划为住宅，需通过合法程序变更用途（如申请规划变更），否则可能面临行政处罚或强制整改。

2. 消防与安全标准

• 关键要求：民宿需符合消防安全标准，包括疏散通道、消防设施等。不同楼层的民宿可能需满足更高的消防要求（如高层建筑的防火分区、消防电梯等）。
• 法律后果：
  • 若未通过消防验收，可能面临罚款、停业整顿，甚至承担火灾事故的民事或刑事责任。
  • 建议：经营前需通过消防部门验收，并定期检查消防设施。

3. 物业管理与业主同意

• 业主权益：若公寓有业主委员会或物业管理规定，需确认是否允许民宿经营。部分物业合同可能禁止商业用途。
• 法律风险：
  • 未经业主同意经营民宿，可能引发邻里纠纷，甚至被业主委员会起诉要求停止经营。
  • 建议：与物业、业主委员会沟通，签订书面同意文件，避免纠纷。

4. 特种行业许可与治安管理

• 许可要求：根据《旅馆业治安管理办法》，民宿需向公安机关申领特种行业许可证。不同楼层的民宿可能需单独申请许可。
• 法律后果：
  • 无证经营可能面临罚款、没收违法所得，甚至刑事责任（如非法经营罪）。
  • 建议：向当地公安机关咨询许可要求，确保合规经营。

5. 税务与工商登记

• 登记义务：民宿需办理工商营业执照，并按规定纳税。不同楼层的民宿可能需分别登记或合并登记。
• 法律风险：
  • 未登记或偷逃税款可能面临罚款、滞纳金，甚至刑事责任（如逃税罪）。
  • 建议：咨询当地税务部门，明确税务登记和申报要求。

6. 地方性法规与政策

• 区域差异：部分城市（如北京、上海）对民宿有更严格的规定，如限制经营区域、要求“一证一房”等。
• 法律建议：
  • 查询当地《旅游民宿管理办法》或《短租住房管理规定》，确保符合地方要求。
  • 例如，某些城市要求民宿经营者与房屋所有权人签订书面合同，并报公安机关备案。

总结与建议

1. 合法经营的前提：确认公寓规划用途、取得消防验收、特种行业许可、工商登记，并遵守物业规定。
2. 风险防范：与业主、物业沟通，签订书面协议；定期自查合规性，避免行政处罚或民事纠纷。
3. 地方政策：关注所在城市的民宿管理细则，确保完全符合要求。

如有具体问题（如某城市政策、合同纠纷等），可直接向我咨询，我会结合实际情况提供详细解答。