结论前置：一份合同存在两个乙方时，发票由哪个乙方开具，需根据合同具体约定、交易实质及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 合同约定优先

若合同中明确约定了发票开具主体（例如：约定由乙方A或乙方B单独开具，或由双方共同开具），则应优先按照合同约定执行。
法律依据：根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按照约定履行义务。
建议：检查合同条款，确认是否有关于发票开具的明确约定。

2. 交易实质决定

若合同未明确约定，需根据交易实质判断：

• 若两个乙方为独立交易方（例如：甲方分别与乙方A、乙方B签订两份独立合同，但合并为一份文件），则发票应由实际提供货物或服务的一方开具。
  
• 若两个乙方为共同履行方（例如：乙方A和乙方B共同向甲方提供服务，且无法区分各自份额），则可能需由双方协商确定开具主体，或由主导方开具。
  法律依据：根据《发票管理办法》第19条，销售商品、提供服务的单位和个人，应向付款方开具发票。
  建议：梳理交易流程，明确各乙方的实际履约内容。

3. 税务合规要求

无论合同如何约定，发票开具需符合税务规定：

• 发票内容应与实际交易一致（例如：货物名称、数量、金额等）。
  
• 禁止虚开发票（如无真实交易或金额不符）。
  风险提示：若发票开具与实际交易不符，可能涉及偷逃税款，面临行政处罚甚至刑事责任。
  建议：确保发票内容与合同、履约凭证（如送货单、服务记录）一致。

4. 争议解决路径

若两个乙方对发票开具存在争议，可通过以下方式解决：

• 协商：双方协商确定开具主体及方式。
  
• 补充协议：签订补充协议明确发票开具义务。
  
• 诉讼/仲裁：若协商无果，可依据合同争议解决条款提起诉讼或仲裁。
  

总结：发票开具主体需结合合同约定、交易实质及税务规定综合判断。建议优先通过合同明确权利义务，避免后续纠纷。如有具体合同条款或交易细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性建议。