结论：保险公司仅理赔45天误工费是否合理合法，需结合保险合同条款、误工证明的合法性及保险行业惯例综合判断，存在以下两种可能性：

1. 若保险合同明确约定误工费理赔天数需以“合理医疗期”或“实际恢复期”为限，且保险公司能证明90天误工期超出必要范围
   根据《保险法》第十七条，保险公司对合同条款负有明确说明义务。若合同中已载明“误工费理赔天数需经保险公司核定”或“以医疗机构出具的合理医疗期为准”，且保险公司能通过医疗鉴定、复诊记录等证据证明90天误工期存在不合理（如过度治疗、康复进度异常等），则其仅理赔45天的行为可能具有合同依据，属于合法行使合同权利。

2. 若保险合同未对误工期核定标准作明确约定，或医院出具的90天误工证明符合法定形式要件
   根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条，误工费根据受害人的误工时间和收入状况确定，误工时间由医疗机构出具的证明确定。若医院出具的《病假建议书》或《诊断证明书》明确载明“建议休息90天”，且该证明符合《医疗机构管理条例》第三十二条关于“医疗机构出具医学证明文件需由执业医师签字并加盖公章”的要求，则保险公司无正当理由单方缩短理赔天数，可能构成违约，需承担继续履行或赔偿损失的责任。

实务建议：

• 第一步：核查保险合同中“误工费理赔”条款的具体表述，重点关注是否约定“需经保险公司核定”或“以合理医疗期为限”；
  
• 第二步：要求保险公司出具书面拒赔或缩赔依据，核实其是否通过医疗鉴定等程序对误工期合理性提出异议；
  
• 第三步：若保险公司无法提供合理依据，可向当地银保监会投诉（12378热线），或依据《保险法》第二十三条向法院起诉，要求保险公司按90天标准支付误工费及逾期利息。
  

风险提示：若医院证明存在瑕疵（如医师未签字、公章不符等），或实际康复情况与证明明显不符（如已恢复工作但未提交复诊记录），可能影响理赔主张。建议同步收集工资流水、纳税证明等收入损失证据，以增强主张合理性。