针对您提出的“交通事故医院开休息5个月证明，保险公司只赔3个月误工费是否合理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，要明确的是，交通事故中保险公司赔偿误工费的时长并非固定不变，而是需要根据受害人的实际误工时间、医疗机构意见、伤残鉴定结果以及双方协商或法院判决等多个因素来综合确定。
依据医疗机构的意见：
- 医疗机构出具的证明，如诊断证明、出院小结等，是判断误工费赔偿时长的重要依据。这些证明中通常会注明受害人因伤需要休息的时间。
- 在您的情况下，医院已经开具了休息5个月的证明，这是判断误工时间的一个重要参考。
保险公司的初步判断：
- 保险公司通常会参考医疗机构的建议时间来初步确定赔偿误工费的时长。然而，这并不意味着保险公司必须完全按照医疗机构建议的时间来赔偿。
- 保险公司可能会根据自身的理赔政策、风险评估等因素，对赔偿时长进行一定的调整。
伤残鉴定的影响：
- 如果受害人的伤害程度较重，可能需要进行伤残鉴定。误工时间可以计算至定残日前一天。
- 在您的情况下，如果尚未进行伤残鉴定，且医院已经开具了休息5个月的证明，那么保险公司仅赔偿3个月误工费可能缺乏充分的依据。
双方协商或法院判决：
- 如果保险公司与受害人对误工时间的认定存在不一致，双方可以首先尝试协商解决。
- 如果协商不成，受害人可以向法院提起诉讼，由法院根据案件的具体证据和事实，综合判断最终的误工时间，并作出相应判决。
针对您的情况的建议：
- 首先，您可以与保险公司进一步沟通，了解他们为何只赔偿3个月误工费，并要求他们提供充分的依据。
- 如果沟通无果，您可以考虑咨询专业的律师或保险理赔人员，了解您的权益和可能的维权途径。
- 同时，保留好所有相关证据，如医疗证明、工作单位证明等，以便在需要时进行协商或诉讼。
综上所述，保险公司仅赔偿3个月误工费是否合理，取决于多个因素的综合判断。在您的情况下，由于医院已经开具了休息5个月的证明，保险公司仅赔偿3个月可能缺乏充分的依据。因此，建议您与保险公司进一步沟通，并考虑咨询专业律师以维护自己的权益。