当法院查明的法律关系与当事人主张的不一致时，法院会采取一系列措施来确保案件的公正审理和当事人的合法权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法院的处理原则与程序

1. 释明义务：

   • 法院在发现当事人主张的法律关系与查明事实不符时，有义务向当事人进行释明。这一步骤旨在保障当事人的知情权和诉讼权利，确保他们能够充分理解案件的法律关系和可能的法律后果。
   • 释明的内容通常包括法律关系的实际性质、可能的影响以及当事人可以选择的诉讼策略。

2. 焦点问题审理：

   • 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第五十三条，法院应当将法律关系性质或者民事行为效力作为焦点问题进行审理。这意味着在庭审过程中，法院会特别关注法律关系的认定，并允许当事人就此进行充分的辩论。

3. 变更诉讼请求：

   • 在法院释明后，当事人有权选择是否变更诉讼请求以符合查明的法律关系。如果当事人选择变更，法院将依据新的诉讼请求进行审理。
   • 如果当事人坚持原诉讼请求不变，法院将基于查明的事实作出判决。这可能导致当事人因主张与事实不符而败诉。

二、当事人的选择与后果

1. 变更诉讼请求：

   • 当事人选择变更诉讼请求时，需要重新组织证据和辩论，以适应新的法律关系。这可能会增加诉讼时间和成本，但有助于确保案件的公正审理和当事人的合法权益。
   • 变更诉讼请求后，法院将依据新的请求进行审理，并作出相应的判决。

2. 坚持原诉讼请求：

   • 如果当事人坚持原诉讼请求不变，法院将基于查明的事实作出判决。由于当事人的主张与事实不符，他们可能会面临败诉的风险。
   • 败诉后，当事人可能需要承担诉讼费用、律师费用等经济损失，并可能无法获得预期的法律救济。

三、典型案例与司法实践

• 案例概述：在某合同纠纷案中，当事人主张为借款合同关系并要求偿还本息，但法院查明双方实为合作投资关系。
• 法院处理：法院向当事人释明了法律关系的实际性质，并询问其是否变更诉讼请求。如果当事人选择变更，法院将据此审理；如果坚持原诉求，法院将因其主张与事实不符而驳回诉讼请求。
• 司法实践：在司法实践中，法院通常会遵循法定程序进行释明和处理，以确保案件的公正审理和当事人的合法权益。同时，法院也会考虑诉讼效率和成本，尽量在保障当事人权利的同时，提高诉讼效率。

四、对当事人的建议

1. 审慎选择诉讼请求：

   • 当事人在提起诉讼时，应审慎选择诉讼请求，确保其与实际法律关系相符。这有助于减少诉讼风险和成本，提高诉讼效率。

2. 积极配合法院释明：

   • 当法院进行释明时，当事人应积极配合，充分理解法律关系的实际性质和可能的法律后果。这有助于当事人作出合理的诉讼选择，维护自身合法权益。

3. 考虑变更诉讼请求：

   • 如果法院释明后，当事人发现原诉讼请求与实际法律关系不符，应考虑变更诉讼请求。这有助于确保案件的公正审理，并可能获得更好的法律救济。

当法院查明的法律关系与当事人主张的不一致时，法院会遵循法定程序进行释明和处理。当事人应审慎选择诉讼请求，积极配合法院释明，并在必要时考虑变更诉讼请求。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。