当工厂（或老板）因侵权行为导致员工被抓时，这是一个涉及法律责任和权益保障的复杂问题。以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
一、明确侵权类别
首先，需要明确侵权的类别。侵权行为可能涉及知识产权（如著作权、商标权）的侵犯，也可能涉及人身权利（如名誉权、隐私权）的侵犯，或者其他类型的侵权。明确侵权类别是后续处理的基础。
二、员工责任判定
无过错或轻微过失：
- 如果员工在执行工作任务时，是按照老板的指示进行了侵权行为，且自身没有过错或仅有轻微过失，那么员工应向司法机关说明情况，表明自己是受老板指使。
- 在这种情况下，员工可能不承担或仅承担很小的法律责任。
存在过错：
- 如果员工在侵权行为中存在过错，那么员工需要按照过错程度承担相应的法律责任。
- 这可能包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
三、员工维权途径
收集证据：
- 员工应收集相关证据，如聊天记录、工作指令文件、证人证言等，以证明自己是在老板的安排、指示下实施相关行为，且自身并无主观故意违法的意图。
要求老板承担责任：
- 如果员工因老板的侵权行为遭受了损失（如名誉受损、经济损失等），员工可以通过民事诉讼要求老板赔偿损失、消除影响、恢复名誉等。
申请国家赔偿：
- 如果员工被错误羁押，且最终被认定无罪，员工可以依据《国家赔偿法》申请国家赔偿。
四、员工权益保障措施
配合调查：
- 员工应积极配合司法机关的调查，如实陈述事实，表明自己是受老板侵权影响，主观上无违法故意，以争取司法机关的理解。
要求赔偿：
- 如果员工因老板的侵权行为遭受了人身损害、财产损失或名誉损害，员工有权依据《民法典》等法律规定，向老板主张民事赔偿。
关注其他权益：
- 员工在被抓后，如果发现自身权益也受到老板侵权行为的影响（如工资未支付、社保未缴纳等），应及时通过法律途径维护自身权益。
五、特殊情况处理
- 如果员工能证明自己并不知晓老板的侵权行为，或者在侵权过程中是被胁迫参与的，那么在法律层面可能会有不同的判定结果。员工应尽可能提供相关证据，以支持自己的主张。
六、建议与总结
- 建议：员工在遇到此类情况时，应尽快咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
- 总结：工厂（或老板）侵权导致员工被抓是一个复杂的问题，涉及法律责任和权益保障的多个方面。员工应明确自己的责任和权益，通过合法途径维护自己的利益。同时，工厂（或老板）也应遵守法律法规，尊重员工的权益，避免侵权行为的发生。