结论前置：
- 一般情况下，店长安排休半天却扣半天工资的做法是不合法的。
- 若存在特殊情况，如双方有明确约定且该约定不违反法律法规，则可能合法。但这种情况较为少见，且需严格符合法律规定。
详细分析：
首先，从劳动法的角度来看，员工享有获得劳动报酬的权利，这是劳动法赋予员工的基本权益之一。当员工按照公司的安排进行休息时，除非有明确的法律规定或双方有明确的约定，否则公司不应无故扣除员工的工资。
针对第一种情况：
- 一般情况下，店长安排员工休半天，却扣除半天的工资，这种做法显然是不合法的。因为员工在休息期间并未提供劳动，但这并不意味着公司可以随意扣除其工资。员工的工资是其提供劳动的对价，除非员工存在过错或双方有明确的约定，否则公司不应扣除。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”指的是用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资的行为。
针对第二种情况：
- 特殊情况：虽然一般情况下店长不能随意扣除员工工资，但如果双方存在明确的约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合法的。例如，如果员工在入职时与公司签订了劳动合同，其中明确规定了在某些特定情况下（如员工违反公司规章制度、未完成工作任务等）公司可以扣除一定比例的工资，那么在这种情况下，店长按照合同约定扣除员工工资可能是合法的。但这种情况需要严格符合法律规定，并且合同中的约定不能违反法律法规的强制性规定。
- 注意事项：即使双方存在约定，公司也不能随意扩大扣除工资的范围或比例。扣除工资必须基于合理的原因，并且扣除的比例应当符合法律法规的规定。
建议与行动：
- 如果你遇到了店长安排休半天却扣半天工资的情况，首先可以与店长或公司人力资源部门进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，建议你保留好相关的证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
总结：
店长安排休半天却扣半天工资的做法在一般情况下是不合法的。除非双方存在明确的约定且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则公司不应无故扣除员工的工资。如果你遇到了这种情况，建议及时与公司沟通或寻求法律援助以维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询。