关于有保底性质工资在休息超过规定时间后的计算方式，这主要取决于劳动合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、劳动合同约定优先
明确约定：如果劳动合同中明确规定了保底工资的计算方式，包括在休息超过规定时间后的处理办法，那么应当按照合同约定执行。例如，合同可能规定，在休息日超过一定天数后，保底工资将按比例扣除或调整。
无明确约定：如果劳动合同中没有明确约定，那么需要参考相关法律法规以及行业惯例。在这种情况下，通常不会直接扣除保底工资，但可能会根据实际工作情况（如是否提供了等效的工作时间或任务）进行适当调整。
二、法律法规参考
《劳动法》相关规定：根据《劳动法》的规定，劳动者享有休息休假的权利。如果休息时间超过法定或合同约定的时间，且非劳动者原因造成，用人单位通常不应因此扣除劳动者的保底工资。然而，如果休息时间过长且影响了用人单位的正常运营，双方可以协商调整工资或安排补班等方式解决。
地方性法规：不同地区可能根据当地实际情况制定了地方性法规或规章，对保底工资的计算和调整有具体规定。因此，在处理此类问题时，还需要参考当地的相关法规。
三、实际操作建议
与用人单位协商：如果休息时间超过规定且对保底工资有影响，建议首先与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
保留证据：无论结果如何，都应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、休息记录等，以备不时之需。
寻求法律援助：如果协商无果，且认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），了解自己的法律权益和可能的维权途径。
四、特殊情况处理
非劳动者原因造成的休息：如因用人单位原因（如设备故障、订单减少等）导致劳动者休息时间超过规定，用人单位通常不应扣除保底工资。
劳动者原因造成的休息：如因劳动者个人原因（如病假、事假等）导致休息时间超过规定，且影响了用人单位的正常运营，双方可以协商根据实际情况调整工资。
总结来说，有保底性质工资在休息超过规定时间后的计算方式并非一成不变，而是需要根据劳动合同的约定、相关法律法规以及实际情况进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。