核心前提：公司发货后由员工直接收取货款，涉及公司财产管理、职务行为认定及潜在法律风险。
结论前置：需根据员工身份、收款性质及公司制度综合判断，可能涉及职务行为合法性、资金管理合规性及法律责任承担问题。具体处理如下：

1. 若员工收款行为属于职务行为（合法）

   • 条件：员工经公司明确授权（如书面委托、岗位职责规定）代收货款，且收款后及时上交公司。
     
   • 法律后果：行为合法，公司需承担收款后果（如货物交付、合同履行）。若员工未及时上交，公司可追偿，但员工一般不承担外部责任。
     
   • 建议：
     
     • 公司应制定书面授权文件，明确收款权限、流程及上交时限；
       
     • 要求员工提供收款凭证（如收据、转账记录），并定期核对账目；
       
     • 避免现金交易，优先采用对公账户转账，减少资金风险。
       

2. 若员工收款行为超出职务范围（违法）

   • 条件：员工未经授权私自收款，或收款后挪用、侵占资金（如未上交、用于个人用途）。
     
   • 法律后果：
     
     • 民事责任：员工需向公司返还资金及利息，公司可解除劳动合同并追偿损失；
       
     • 刑事责任：若金额较大（如挪用资金超3万元未还），可能构成《刑法》第272条“挪用资金罪”，处3年以下有期徒刑或拘役；若非法占有目的明显（如伪造单据），可能构成“职务侵占罪”，最高处10年以上有期徒刑。
       
   • 建议：
     
     • 公司立即固定证据（如聊天记录、收款记录、员工陈述）；
       
     • 书面催告员工返还，逾期未还则报警或提起民事诉讼；
       
     • 完善内部管控，如设置双人复核、定期审计，防止类似事件。
       

3. 若公司制度存在漏洞（管理责任）

   • 条件：公司未明确收款流程、未提供对公账户，或默许员工个人账户收款。
     
   • 法律后果：公司可能因管理过失承担部分责任（如客户主张未收到货），但员工违法收款仍需担责。
     
   • 建议：
     
     • 修订公司制度，禁止员工个人收款，明确对公账户为唯一收款渠道；
       
     • 对客户进行书面告知，避免因员工个人行为导致公司信用受损。
       

总结：公司需区分员工收款是职务行为还是个人违法，前者通过制度规范降低风险，后者需及时追责并完善内控。如有具体案例或金额争议，可直接向我提供细节，进一步分析法律责任。