协商解除合同仅有一份在用人单位处，并不影响其有效性，但可能引发证据留存和证明责任方面的问题。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同有效性角度
合同成立与生效：
- 协商解除合同是双方意思表示一致的结果，只要双方就解除合同的事项达成合意，合同即成立并生效。
- 合同的效力并不取决于合同文本的份数或持有方，而是取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实等。
单份合同的有效性：
- 即使协商解除合同的文本只有一份在用人单位处，只要该文本能够真实反映双方解除合同的合意，且内容合法，那么该合同就是有效的。
- 双方可以通过其他方式（如电子邮件、短信、录音等）证明解除合同的合意，这些证据在法律上同样具有证明力。
二、证据留存与证明责任角度
证据留存的重要性：
- 虽然单份合同在用人单位处不影响其有效性，但从证据留存的角度来看，劳动者应尽可能保留一份合同文本或相关证据，以备不时之需。
- 如果发生纠纷，劳动者需要证明双方已经协商解除合同，此时合同文本或相关证据就显得尤为重要。
证明责任的分配：
- 在劳动争议中，证明双方已经协商解除合同的举证责任通常由主张解除合同的一方承担。
- 如果劳动者无法提供合同文本或相关证据，可能需要承担举证不能的不利后果。因此，劳动者应尽可能保留与解除合同相关的证据。
三、实际操作建议
要求用人单位提供合同副本：
- 劳动者在协商解除合同时，可以要求用人单位提供一份合同副本，以便自己留存。
- 如果用人单位拒绝提供，劳动者可以通过其他方式（如拍照、复印等）留存证据。
保留相关证据：
- 劳动者应保留与解除合同相关的所有证据，包括但不限于合同文本、电子邮件、短信、录音等。
- 这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
及时咨询专业律师：
- 如果劳动者对协商解除合同的过程或结果存在疑问，应及时咨询专业律师。
- 律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助劳动者维护自己的合法权益。