员工被劳务派遣人员顶替后，能否恢复劳动关系需视具体情况而定。以下是从不同角度进行的分析：
一、劳动合同与派遣协议的合法性
若原劳动合同与派遣协议均合法有效：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬。若原劳动合同未到期，且派遣协议也未违反法律规定，那么员工被顶替可能构成违约或违法解除劳动合同的情形。
- 在此情况下，员工有权要求恢复劳动关系，或者要求劳务派遣单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿标准的二倍，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
若原劳动合同或派遣协议存在违法情形：
- 如果原劳动合同或派遣协议存在违反法律、行政法规强制性规定的情形，如未签订书面劳动合同、未支付劳动报酬等，那么员工被顶替可能只是违法情形的一个表现。
- 在此情况下，员工不仅有权要求恢复劳动关系，还有权要求劳务派遣单位承担因违法而产生的其他法律责任，如支付未签订书面劳动合同的双倍工资、补发劳动报酬等。
二、员工被顶替的具体原因
因用工单位需求变化而顶替：
- 如果用工单位因业务调整、人员优化等原因需要减少劳务派遣人员，而选择了顶替原员工，那么这可能构成合法解除劳动合同的情形，但前提是劳务派遣单位和用工单位均按照法律规定进行了操作，如提前通知、支付经济补偿等。
- 若操作不合规，员工仍有权要求恢复劳动关系或获得赔偿。
因劳务派遣单位或用工单位违法行为而顶替：
- 如果劳务派遣单位或用工单位存在违法行为，如歧视、报复员工等，导致员工被顶替，那么员工不仅有权要求恢复劳动关系，还有权要求相关单位承担法律责任。
三、员工应采取的措施
收集证据：
- 员工应首先收集与劳动关系、派遣协议相关的证据，如劳动合同、派遣协议、工资单、工作证等，以证明自己与劳务派遣单位存在劳动关系。
- 同时，收集被顶替的证据，如用工单位的通知、顶替人员的入职信息等。
与劳务派遣单位协商：
- 员工可以尝试与劳务派遣单位进行协商，要求恢复劳动关系或获得合理的赔偿。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决恢复劳动关系或支付赔偿金。
- 对仲裁裁决不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼。
建议：员工在遇到此类情况时，应保持冷静，及时收集证据，并咨询专业律师（即我本人，王涛律师，专注于工伤赔偿、刑事辩护领域）以获取更具体的法律建议。同时，员工也应了解自己的权利和义务，积极维护自己的合法权益。