不予立案时，相关机关是应当告知理由的。这一做法旨在保障当事人的知情权，确保司法程序的透明度和公正性。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十条及相关法律规定，公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受，并进行审查。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人。在审查后，如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案，并应当将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
对于民事案件，虽然《中华人民共和国民事诉讼法》没有直接规定不予立案时必须告知理由，但根据司法实践和相关司法解释，法院在不予立案时，也会向起诉人说明不予立案的理由，以便起诉人了解情况并作出相应的处理。
二、告知对象与内容
告知对象：不予立案的告知对象通常为报案人、控告人或起诉人，即案件的发起者或相关权益人。在特定情形下，如涉及自诉案件等，法院可能会在相应的法律文书中告知被告人不予立案的决定及理由。但一般而言，被告在立案阶段通常不会直接被告知不予立案的情况。
告知内容：告知内容应包含不予立案的理由与依据，以及控告人或起诉人依法享有的申请复议等权利。这样，当事人可以清楚了解不予立案的原因，并据此作出进一步的行动选择。
三、实践中的做法
在实践中，公安机关、检察院或法院在作出不予立案的决定后，通常会以书面形式告知控告人或起诉人。书面告知可以确保信息的准确性和可追溯性，避免口头告知可能带来的误解或遗漏。同时，书面告知也是司法程序规范性的体现，有助于维护司法权威和公信力。
四、当事人的权利与救济途径
如果当事人对不予立案的决定不服，可以依法申请复议或提起行政诉讼。复议是当事人对不予立案决定提出异议的一种方式，通过向上级机关或复议机构申请复议，可以寻求对不予立案决定的重新审查。而行政诉讼则是当事人通过向人民法院提起诉讼，要求法院对不予立案决定进行合法性审查的一种途径。
总结与建议：
不予立案时，相关机关是应当告知理由的。这一做法不仅符合法律规定，也是保障当事人知情权、维护司法公正的重要体现。如果您遇到了不予立案的情况，并且对不予立案的理由有疑问或不服，您可以依法申请复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。