签协议约定工伤认定书结果出来后赔付剩余款项，这一做法本身是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性依据
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依法自愿订立合同。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。因此，双方约定在工伤认定书结果出来后赔付剩余款项，属于合同自由范畴，合法有效。
工伤保险制度：依据《工伤保险条例》，职工遭受工伤后，有权依法获得相应的工伤保险待遇。这包括医疗费用、伤残津贴、一次性伤残补助金等。如果用人单位与职工就赔付事宜达成协议，且协议内容符合工伤保险制度的规定，那么该协议就是合法的。
实际操作中的注意事项
协议内容明确：在签订协议时，双方应明确约定赔付的剩余款项的具体金额、支付时间、支付方式等关键条款。避免因条款模糊不清而导致后续纠纷。
工伤认定与鉴定：在签订协议前，应确保工伤认定和劳动能力鉴定程序已经完成，且结果已经明确。这是确定赔付金额和赔付责任的重要依据。
合法合规性审查：协议内容应符合相关法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。如有必要，可以请专业律师对协议进行合法合规性审查。
可能的法律后果
协议履行：如果协议合法有效，双方应按照协议约定履行各自的义务。用人单位应按时足额支付赔付款项，职工应配合完成相关手续。
违约责任：如果一方违反协议约定，未按时足额支付赔付款项或未履行其他义务，应承担相应的违约责任。这可能包括支付违约金、赔偿损失等。
法律救济：如果双方因协议履行发生纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决纠纷过程中，应依法维护自己的合法权益。
特殊情况下的处理
用人单位未缴纳工伤保险：如果用人单位未依法为职工缴纳工伤保险，那么所有赔偿责任应由用人单位承担。在这种情况下，双方签订的协议仍应合法有效，但用人单位应自行承担赔付责任。
协议存在欺诈、胁迫等情形：如果协议是在欺诈、胁迫等情形下签订的，那么该协议可能被认定为无效或可撤销。在这种情况下，受损害方有权请求法院或仲裁机构变更或撤销协议。
建议：在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容合法合规。如有必要，可以请专业律师协助起草和审查协议。在协议履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，避免发生纠纷。如果遇到问题或纠纷，应及时咨询专业律师并寻求法律帮助。您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。